新书推介:《语义网技术体系》
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     * 贴子主题: [合集]谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀! 举报  打印  推荐  IE收藏夹 
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    发贴心情 [合集]谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!


    [合集]谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!


    发信人: kingsyl (苦学中,勿扰!-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
    标  题: [合集]谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!
    发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:08:16 星期天), 转信

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                        
    时间  北大未名站 (2003年11月21日10:52:34 星期五) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    我都FT了
    一个文件一个样
    有没有什么标准!

    ───────────────────────────────────────
    作者  ctb (bioinformatics), 信区: Bioinformatics                             
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日11:30:14 星期五), 站内信件                   
    ───────────────────────────────────────
    有什么问题阿?
    你可以做一个预处理的小程序format!

    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 我都FT了
    : 一个文件一个样
    : 有没有什么标准!

    ───────────────────────────────────────
    作者  sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics                              
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日13:35:58 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    ft...这个ID...
    【 在 ctb (bioinformatics) 的大作中提到: 】
    : 有什么问题阿?
    : 你可以做一个预处理的小程序format!

    ───────────────────────────────────────
    作者  ctb (bioinformatics), 信区: Bioinformatics                             
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日13:54:33 星期五), 站内信件                   
    ───────────────────────────────────────
    我先保管,合适的时候再贡献出来。 哈哈

    【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
    ft...这个ID...
    【 在 ctb (bioinformatics) 的大作中提到: 】
    : 有什么问题阿?
    : 你可以做一个预处理的小程序format!

    ───────────────────────────────────────
    作者  newjun (闲), 信区: Bioinformatics                                      
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日14:08:46 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    PDB的网站上就有解释。

    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 我都FT了
    : 一个文件一个样
    : 有没有什么标准!

    ───────────────────────────────────────
    作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日17:34:07 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    //nod
    http://www.rcsb.org/pdb/

    有一个file format的链接
    上次lazy说过的

    【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
    : PDB的网站上就有解释。

    ───────────────────────────────────────
    作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日17:36:05 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    还有cbi呢~~小dd出来秀一秀~
    【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
    : ft...这个ID...

    ───────────────────────────────────────
    作者  cbi (土豆|放弃|一样的天不一样的人), 信区: Bioinformatics               
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日17:37:17 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    来了
    呵呵
    【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
    : 还有cbi呢~~小dd出来秀一秀~

    ───────────────────────────────────────
    作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日17:38:33 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    ft
    来的也太快了
    //pat~
    【 在 cbi (土豆|放弃|一样的天不一样的人) 的大作中提到: 】
    : 来了
    : 呵呵

    ───────────────────────────────────────
    作者  cbi (土豆|放弃|一样的天不一样的人), 信区: Bioinformatics               
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日17:39:44 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    呵呵刚刚好看到这里了
    【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
    : ft
    : 来的也太快了
    : //pat~

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:24:26 星期五) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    上国外的网要花钱也
    我不去!
    就比如Seqres的字段下面
    我就见到了几种格式
    有的是3个字母表示,
    有的是1个字母表示,
    有的在每行的氨基酸前面还有一个A拉B拉什么的。
    还有Sheet
    我怎么能从文件中看出比较具体的结构,比如,反平行的时候是谁和谁配对?
    最后,从ftp.cbi.pku.edu.cn下载的文件每行后面没有换行符!
    那除非我知道所有的字段名,否则我怎么知道从什么地方算换行?ft!
    【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
    : //nod
    : http://www.rcsb.org/pdb/
    : 有一个file format的链接
    : 上次lazy说过的

    ───────────────────────────────────────
    作者  kingsyl (苦学中,勿扰!-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:30:00 星期五), 站内信件                   
    ───────────────────────────────────────
      现在的代理比我直接连接国外还要快啊。
      看看PDB的说明把。你如果在北大, 可以直接来找我复印,我这里有2。1版本的打印,
    好像蛮厚的。

    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 上国外的网要花钱也
    : 我不去!
    : 就比如Seqres的字段下面
    : 我就见到了几种格式
    : 有的是3个字母表示,
    : 有的是1个字母表示,
    : 有的在每行的氨基酸前面还有一个A拉B拉什么的。
    : 还有Sheet
    : 我怎么能从文件中看出比较具体的结构,比如,反平行的时候是谁和谁配对?
    : 最后,从ftp.cbi.pku.edu.cn下载的文件每行后面没有换行符!
    : ...........................

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:32:09 星期五) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    哦?
    我在北大也!
    【 在 kingsyl (苦学中,勿扰!-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
    :   现在的代理比我直接连接国外还要快啊。
    :   看看PDB的说明把。你如果在北大, 可以直接来找我复印,我这里有2。1版本的打印,
    : 好像蛮厚的。

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:32:24 星期五) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    代理是啥?
    【 在 kingsyl (苦学中,勿扰!-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
    :   现在的代理比我直接连接国外还要快啊。
    :   看看PDB的说明把。你如果在北大, 可以直接来找我复印,我这里有2。1版本的打印,
    : 好像蛮厚的。

    ───────────────────────────────────────
    作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:33:49 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    netresource版面每天都有公布
    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 代理是啥?

    ───────────────────────────────────────
    作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:36:41 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    你不会是用记事本打开看的吧?一堆的小黑块?
    那我会想哭~
    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 上国外的网要花钱也
    : 我不去!
    : 就比如Seqres的字段下面
    : 我就见到了几种格式
    : 有的是3个字母表示,
    : 有的是1个字母表示,
    : 有的在每行的氨基酸前面还有一个A拉B拉什么的。
    : 还有Sheet
    : 我怎么能从文件中看出比较具体的结构,比如,反平行的时候是谁和谁配对?
    : 最后,从ftp.cbi.pku.edu.cn下载的文件每行后面没有换行符!
    : ...........................

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:39:11 星期五) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    有小黑快是好事情!
    没有才糟!
    如果是从srs上下载
    可以设置换行符
    如果从ftp上下载是没有换行覆的
    用记事本也没有小黑快!
    【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
    : 你不会是用记事本打开看的吧?一堆的小黑块?
    : 那我会想哭~

    ───────────────────────────────────────
    作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月21日22:40:31 星期五), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    不会吧

    说一个具体的路径和文件,我看看怎么回事
    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 有小黑快是好事情!
    : 没有才糟!
    : 如果是从srs上下载
    : 可以设置换行符
    : 如果从ftp上下载是没有换行覆的
    : 用记事本也没有小黑快!

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月22日00:09:36 星期六) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/pdb/...
    自己找吧
    【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
    : 不会吧
    : 说一个具体的路径和文件,我看看怎么回事

    ───────────────────────────────────────
    作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月22日00:11:52 星期六), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    我用过的,没有问题。

    至于你的具体那个文件出了问题,当然你得指出来才好check

    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/pdb/...
    : 自己找吧

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月22日00:34:12 星期六) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    只是没有换行符
    算不得问题
    但是处理起来就很棘手
    因为计算机很蠢亚
    【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
    : 我用过的,没有问题。
    : 至于你的具体那个文件出了问题,当然你得指出来才好check

    ───────────────────────────────────────
    作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月22日00:36:57 星期六) , 站内信件                  
    ───────────────────────────────────────
    每个文件都没有。
    另外拜托我印一份说明好不好?
    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 只是没有换行符
    : 算不得问题
    : 但是处理起来就很棘手
    : 因为计算机很蠢亚

    ───────────────────────────────────────
    作者  dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics                             
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月22日05:19:57 星期六), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    dos2unix

    unix2dos

    【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
    : 只是没有换行符
    : 算不得问题
    : 但是处理起来就很棘手
    : 因为计算机很蠢亚

    ───────────────────────────────────────
    作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
    标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀!                                    
    时间  北大未名站 (2003年11月22日10:38:15 星期六), 转信                       
    ───────────────────────────────────────
    可以直接用这个分析拉。
    Bioinformatics Vol. 19 no. 17 2003
    pages 2308-2310
    ? 2003 Oxford University Press

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    第十二章第一节《用ROR创建面向资源的服务》
    第十二章第二节《用Restlet创建面向资源的服务》
    第三章《REST式服务有什么不同》
    InfoQ SOA首席编辑胡键评《RESTful Web Services中文版》
    [InfoQ文章]解答有关REST的十点疑惑

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