生物学数据库(转载)
发信人: pearson (忘忧草~绿色水草摇摆~小棒槌), 信区: Bioinformatics
标 题: 生物学数据库(转载)
发信站: 北大未名站 (2002年09月13日11:16:48 星期五), 站内信件
【 以下文字转载自 LifeScience 讨论区 】
【 原文由 pearson 所发表 】
生物学是当今医学界的一大热门学科；分科细，覆盖面广，数据量大，科技含量高是它
的特点。目前还没有哪家院校能建立起自己完整的生物学数据库，所以能够到网上查询
数据就成了研究生物学必备的技能。下面泪出当前世界上较有名的网上生物学数据库，
具体的查询防范请参照《如何查找网上医学资料》，和该数据库的使用说明。
★★★★
核酸数据库:
★EMBL Database：http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/ebi/topembl.html
欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库
，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。目前此数据库由其分支
机构—EBI（the European Bioinformatics Institute，欧洲生物情报研究所）维护。
★GenBank：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/index.html
美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information
）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。
★DDBJ：http://www.ddbj.nig.ac.jp/
DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序
列数据库。
★HIV Database：http://hiv-web.lanl.gov/
HIV序列数据库。
★IMGT：http://www.ebi.ac.uk/imgt/
ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。
★dbEST：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。
★BERLIN：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/berlin/
5S rRNA 数据库。
★EPD：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/epd/
真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database）
★★★★
蛋白数据库
★SWISS-PROT：http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/swissprot_db/swisshome.html
SWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系（the Department of
Medical Biochemistry of the University of Geneva ）与EMBL（European
Molecular Biology Laboratory，欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的
蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。
★PIR：http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
PIR（Protein Identification Resource）蛋白序列鉴定数据库，由美国国家生物医学
研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白
序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。
★PDB：http://www.rcsb.org/pdb/index.html
Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。
★PROSITE：http://www.expasy.ch/prosite/
蛋白特征序列字典。
★ENZYME：http://www.expasy.ch/enzyme/
蛋白酶数据库。
★REBASE：http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html
限制酶数据库。
★HSSP：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/hssp/
同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。
★BLOCKS：http://www.blocks.fhcrc.org/
蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。
★KABAT：http://immuno.bme.nwu.edu/
具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest
）。
★OMEGA ：http://www.infobiogen.fr/
蛋白结构信息数据库（protein structural information）。
★TMBASE：http://www.ch.embnet.org/software/tmbase/TMBASE_doc.html
跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。
★★★★
基因组数据库
★DICTYDB:http://glamdring.ucsd.edu/others/dsmith/dictydb.html
盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。
★EcoGene:http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html
大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。
★FLYBASE:http://www.ebi.ac.uk/flybase/index.html
果蝇（Drosophila ）基因组数据库。
★MAIZEDB:http://www.agron.missouri.edu/
玉米基因组数据库。
★SGD:http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/
酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。
★STYGENE:http://www.ucalgary.ca/~kesander/salty.html
沙门氏菌（Salmonella typhimurium ）LT2基因组数据库。
★SUBTILIST:ftp://ftp.pasteur.fr/pub/GenomeDB/SubtiList/
纤小杆菌（Bacillus subtilis ）168基因组数据库。
★WORMPEP:http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/
蠕虫（Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。
★★★★
其它数据库
★ECO2DBASE:http://www.ucalgary.ca/~kesander/salty.html
大肠杆菌（Escherichia coli）基因-蛋白两维凝胶数据库
★GCRDB:http://www.gcrdb.uthscsa.edu/
G-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。
★MIM:http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/
MIM 人类孟德尔遗传学数据库（Mendelian Inheritance in Man Database）。
★PHDP:http://www.ebi.ac.uk/RHdb/index.html
放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。
★AARHUS/GHENT-2DPAGE:http://biobase.dk/cgi-bin/celis/
人角质化细胞（keratinocyte ）两维蛋白凝胶数据库（Aarhus and Ghent
universities）。
★SWISS-2DPAGE:http://www.expasy.ch/ch2d/ch2d-top.html
日内瓦大学（the University of Geneva）人类两维凝胶蛋白数据库（Human 2D Gel
Protein Database）。
★TRANSFAC :http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/
转录因子数据库（Transcription factor database）。
★YEPD:http://quest7.proteome.com/YPDhome.html
酵母电泳蛋白数据库（ Yeast electrophoresis protein database）。
★SRPDB:http://pegasus.uthct.edu/SRPDB/SRPDB.html
信号识别位点数据库（Signal recognition particle database ）。
★EMP:http://wit.mcs.anl.gov/EMP/
酶和代谢途径数据库（Database of Enzymes and Metabolic Pathways）。
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