[合集]再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设
发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计
发信站: 北大未名站 (2003年05月16日13:28:28 星期五), 转信
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作者 biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics
标题 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日10:37:16 星期四) , 站内信件
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1.在一个朋友的启发下，几个人搞了个通宵，初拟以下（附件）草案，请给出宝贵意见。
我们只有一种模糊的感觉：如何把从头算与GA,NN统一起来：是以从头算为主，用GA,NN对某
些不确定数据进行分析？
还是，以用GA,NN力图建立更加正确的模型，某些不定因素再用从头算进行细致分析？
4。谁知遗传算法（GA），神经网络（NN）的源码?请告知。
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日11:21:48 星期四), 转信
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看来biojs是玩真的。呵呵，一直都有误会。这个嘛，要怪biojs自己，
老是太客气，大家就小觑了。不过看你聊算法的时候，估计programming
应该是没有问题吧？问你的朋友，什么时候把ftp开着，我这边先给你
传一些文献，你看了感觉一下，然后再做。呵呵
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作者 wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日12:49:30 星期四) , 站内信件
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biojs能否再把你的方案说的更详细些，感觉没有读懂。GA和NN统一起来方法应该很多。还有
“GA,NN力图建立更加正确的模型”这句我不明白你想表达什么意思。关于遗传算法（GA），
神经网络（NN）的源码，可以说这不是问题，网上有的是。我觉得最关键的还是怎么用这些
算法解决某一个模型的问题。比如对于一个模型，遗传算法的编码方法，fitness function
等这些方面才是最关键的问题，只要这些问题解决了，其它就好办了。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日14:39:59 星期四), 转信
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一开始就用分子力学力场恐怕计算量上吃不消, 而且还有一个问题就是疏水相互左右
的考虑, 当然为了减小计算量, 可以采用改变介电参数的作法, 计算量再大一点的就
是使用隐式溶剂力场. 但是无论怎么说, 直接上力场计算量都太大, 而且力场对结构
的容错性很不好, 一旦发生碰撞能量会相当高. 因此首先需要发展的是一个有大致
分辨能力的势能函数. 最后, 构象的产生方面, 可以利用二级结构预测的信息, 生成
新构象方面, 可以尽可能的利用David Baker的片断组装的思想
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日15:56:24 星期四), 转信
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呵呵，分子动力学做的不是很有突破啦，还只能停留在纳秒阶段。蛋
白的折叠很难保证完全。或者是构象稳定。计算量太大。是否可以先
利用rossetta生成一个粗糙结构，然后再想办法细化，减少工作量？
不过我只是说说，我是下定决心，做序列了。
对了，lazy,跟我说一下threading的程序有哪些，推荐一下好不好？
谢谢。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日17:15:24 星期四), 转信
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你说的是段勇98年在science上的那篇文章把. 那篇文章里面模拟的
蛋白只有36的残基, 而且不是从伸展构象出发而是从MD去折叠模拟的
结果开始做的. 用当时cray的机器256个节点并行计算了3个多月, 也
只能看到部分结构的形成. 总得来说, 使用MD的思路直接来着预测现
在计算能力是严重不足的. MD和分子力场只能用来进行结构的优化,
一开始没法用的. BTW, rossetta好像没有提供软件给大家用把.
threading方面的程序我了解不是很多, 以前听过的讲座里面记得许瑛
做得还不错, 你可以查查看.
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日17:28:53 星期四), 转信
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http://www.bioinfo.rpi.edu/~bystrc/hmmstr/server.php
看一下。是不是rossetta?
你说的是段勇98年在science上的那篇文章把. 那篇文章里面模拟的
蛋白只有36的残基, 而且不是从伸展构象出发而是从MD去折叠模拟的
结果开始做的. 用当时cray的机器256个节点并行计算了3个多月, 也
只能看到部分结构的形成. 总得来说, 使用MD的思路直接来着预测现
在计算能力是严重不足的. MD和分子力场只能用来进行结构的优化,
一开始没法用的. BTW, rossetta好像没有提供软件给大家用把.
threading方面的程序我了解不是很多, 以前听过的讲座里面记得许瑛
做得还不错, 你可以查查看.
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作者 biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月15日17:49:23 星期四) , 站内信件
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据说GA,NN的准确性是与所建的模型直接相关，只要对protein 的结构有较清楚的了解，
GA,NN将更牛。编码方法，fitness function这些方面确实关键，但我们还是很模糊，需要大
家帮助。
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作者 Cray (克雷), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月16日02:21:30 星期五), 转信
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GA自己也容易陷入局部最优. 而且GA+NNQ
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 再掀起新的一轮讨论吧，请看算法设计草稿
时间 北大未名站 (2003年05月16日10:27:42 星期五), 转信
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推荐一篇文章：
The performance of current methods in ligand -protein docking
http://sgedg.weizmann.ac.il/~edg/articles/McConkey2002b.pdf
是current science的文章，写得不错，但是居然只有0。6的影响因子！
不过还是值得看一下的。
讲了docking的相关问题，非常细致。
GA自己也容易陷入局部最优. 而且GA+NNQ
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