[合集]PatternHunter: 李明的报告
发信人: kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]PatternHunter: 李明的报告
发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:40:39 星期天), 转信
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:18:53 星期五), 转信
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PatternHunter: Fast and Sensitive Homology Search
Ming Li
School of Computer Science
University of Waterloo
Room 305W, Communication Centre, PKU
1:30-3:30 PM, Tue, 28 Oct,2003
Homology search is the most fundamental task in bioinformatics. 10% of worl
d's supercomputing time is consumed by Blast or Smith-Waterman dynamic progr
amming, popular homology search programs designed over a decade ago. Genomic
s data growth and the pharmaceuticals demand significantly faster, more sens
itive (than Blast) and scalable homology search software.
With new fundamental ideas, which will be explained in this talk, we have im
plemented a portable Java program ``PatternHunter'' that finds homologies wi
thin one or between two DNA sequences. At the same sensitivity level and ali
gnment quality, PatternHunter runs hundred times faster than Blastn. It can
also approach Smith-Waterman sensitivity at Blastn speed, 1000 times faster
than Smith-Waterman.
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:22:46 星期五), 转信
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明天交流中心还有waterman的包括, 不知道会讲什么
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: PatternHunter: Fast and Sensitive Homology Search
: Ming Li
: School of Computer Science
: University of Waterloo
: Room 305W, Communication Centre, PKU
: 1:30-3:30 PM, Tue, 28 Oct,2003
: Homology search is the most fundamental task in bioinformatics. 10% of worl
: d's supercomputing time is consumed by Blast or Smith-Waterman dynamic progr
: amming, popular homology search programs designed over a decade ago. Genomic
: s data growth and the pharmaceuticals demand significantly faster, more sens
: ...........................
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作者 sysiphean (剑吼西风), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:24:43 星期五), 转信
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啊？什么时候？上午还是下午？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 明天交流中心还有waterman的包括, 不知道会讲什么
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:26:06 星期五), 转信
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安排是上午10:20-11:10
【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
: 啊？什么时候？上午还是下午？
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作者 sysiphean (剑吼西风), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:26:49 星期五), 转信
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my GOD!!!
郁闷啊，为什么这么多好的活动安排在同一时候。。。。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 安排是上午10:20-11:10
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:37:06 星期五), 转信
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??? 我听说明天是25号，
li是28号
【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
: my GOD!!!
: 郁闷啊，为什么这么多好的活动安排在同一时候。。。。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:38:06 星期五), 转信
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PipMaker , MUMmer , FORRepeats , REPuter , ADHoRe ,
GRIMM ， BLASTZ ， PatternHunter，Avid， DiagHunter
我就知道这么多类似的工具了，谁还知道别的，补充补充
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 明天交流中心还有waterman的包括, 不知道会讲什么
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月24日23:58:08 星期五), 转信
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一年半之前，李教授在评价BLAST：nothing can be worse的时候，就喋喋不休的吹乎
他的ph如何之好，呵呵。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: PatternHunter: Fast and Sensitive Homology Search
: Ming Li
: School of Computer Science
: University of Waterloo
: Room 305W, Communication Centre, PKU
: 1:30-3:30 PM, Tue, 28 Oct,2003
: Homology search is the most fundamental task in bioinformatics. 10% of worl
: d's supercomputing time is consumed by Blast or Smith-Waterman dynamic progr
: amming, popular homology search programs designed over a decade ago. Genomic
: s data growth and the pharmaceuticals demand significantly faster, more sens
: ...........................
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:00:37 星期六), 转信
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不过说实话，megablast确实是和PH雷同的东西
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 一年半之前，李教授在评价BLAST：nothing can be worse的时候，就喋喋不休的吹乎
: 他的ph如何之好，呵呵。
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:05:47 星期六), 站内信件
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李教授啊， 前不久和他同桌吃饭聊过，他和xu ying 合作做了一个冬冬。
^_^，李教授健谈我是领教了。他好像要在北京开公司卖他的软件。
好像最近被清华聘为讲座教授？
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 一年半之前，李教授在评价BLAST：nothing can be worse的时候，就喋喋不休的吹乎
: 他的ph如何之好，呵呵。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:07:46 星期六), 转信
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就是prospect pro吧，可以所要demo disc的，300M，太大了。。。
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 李教授啊， 前不久和他同桌吃饭聊过，他和xu ying 合作做了一个冬冬。
: ^_^，李教授健谈我是领教了。他好像要在北京开公司卖他的软件。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:08:55 星期六), 转信
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你有没有觉得他长相说话很像一个名人？：）
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 李教授啊， 前不久和他同桌吃饭聊过，他和xu ying 合作做了一个冬冬。
: ^_^，李教授健谈我是领教了。他好像要在北京开公司卖他的软件。
: 好像最近被清华聘为讲座教授？
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:09:54 星期六), 站内信件
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是啊，他说他的程序在casp4排第一，我说好像有个Rosetta的好像很厉害啊，他接着说他
在折叠识别，threading...里面排第一。 真是能推销他的程序啊，我正是服了他了。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 就是prospect pro吧，可以所要demo disc的，300M，太大了。。。
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:11:14 星期六), 站内信件
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我名人知道的少，他象谁啊？ 如果不是去看他的网站，我真不相信他是做Research,倒像
是公司总裁啊。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 你有没有觉得他长相说话很像一个名人？：）
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:12:14 星期六), 转信
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看他的数据，好像比megablast好不少。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
不过说实话，megablast确实是和PH雷同的东西
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 一年半之前，李教授在评价BLAST：nothing can be worse的时候，就喋喋不休的吹乎
: 他的ph如何之好，呵呵。
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:12:50 星期六), 转信
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啊，这个不是最近免费了么？不是这个？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
就是prospect pro吧，可以所要demo disc的，300M，太大了。。。
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 李教授啊， 前不久和他同桌吃饭聊过，他和xu ying 合作做了一个冬冬。
: ^_^，李教授健谈我是领教了。他好像要在北京开公司卖他的软件。
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:13:40 星期六), 转信
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早就觉得了，北京城当年的那五爷啊！大家难道忘了“五爷”是谁了？呵呵。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
你有没有觉得他长相说话很像一个名人？：）
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 李教授啊， 前不久和他同桌吃饭聊过，他和xu ying 合作做了一个冬冬。
: ^_^，李教授健谈我是领教了。他好像要在北京开公司卖他的软件。
: 好像最近被清华聘为讲座教授？
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:14:21 星期六), 站内信件
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他有一个做多肽设计的（好像是），还有。。。好几个软件啊，不过我都没细看。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 啊，这个不是最近免费了么？不是这个？
: 就是prospect pro吧，可以所要demo disc的，300M，太大了。。。
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:14:25 星期六), 转信
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呵呵，他跟咱说的时候，说是排第四。。。排第一的免费，排第四的那么贵。。。
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
是啊，他说他的程序在casp4排第一，我说好像有个Rosetta的好像很厉害啊，他接着说他
在折叠识别，threading...里面排第一。 真是能推销他的程序啊，我正是服了他了。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 就是prospect pro吧，可以所要demo disc的，300M，太大了。。。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:14:37 星期六), 转信
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呵呵，我们上课时觉得他很搞笑，而且个头身材长相都很像冯巩大叔，所以我上去问问题
时都称他冯老师，他好像也没在意：））
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 我名人知道的少，他象谁啊？ 如果不是去看他的网站，我真不相信他是做Research,倒像
: 是公司总裁啊。
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:15:52 星期六), 转信
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不是多肽设计，是那个跟质谱处理的软件，peak，不过我没试过。
peak, prospect,ph，呵呵，李教授的得意之笔啊。
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
他有一个做多肽设计的（好像是），还有。。。好几个软件啊，不过我都没细看。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 啊，这个不是最近免费了么？不是这个？
: 就是prospect pro吧，可以所要demo disc的，300M，太大了。。。
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:16:30 星期六), 站内信件
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长相有点象，说话腔调也有点。 就是哪个北京的。。。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 呵呵，我们上课时觉得他很搞笑，而且个头身材长相都很像冯巩大叔，所以我上去问问题
: 时都称他冯老师，他好像也没在意：））
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:17:11 星期六), 站内信件
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他公司主页上应该有。 我记不清楚了。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 不是多肽设计，是那个跟质谱处理的软件，peak，不过我没试过。
: peak, prospect,ph，呵呵，李教授的得意之笔啊。
: 他有一个做多肽设计的（好像是），还有。。。好几个软件啊，不过我都没细看。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:21:10 星期六), 转信
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谁写信要个光盘吧，呵呵，给我一份，我拿好东西和他换：））
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 他公司主页上应该有。 我记不清楚了。
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:24:06 星期六), 站内信件
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用钱买吧。。。。^_^
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 谁写信要个光盘吧，呵呵，给我一份，我拿好东西和他换：））
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:24:28 星期六), 转信
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prospect2是免费的
prospect pro是可以给demo版的
不过要填一堆信息，什么干什么用啊，哪个实验室的啊，有什么计划啊等等等，烦死了
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 用钱买吧。。。。^_^
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:26:41 星期六), 转信
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呵呵，你也就是拿ph不错了。。。
我以前要过很多次，就是下载不了，光盘又不寄。没办法。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
谁写信要个光盘吧，呵呵，给我一份，我拿好东西和他换：））
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 他公司主页上应该有。 我记不清楚了。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日00:50:40 星期六), 转信
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你什么时候跟他一块吃饭了
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 李教授啊， 前不久和他同桌吃饭聊过，他和xu ying 合作做了一个冬冬。
: ^_^，李教授健谈我是领教了。他好像要在北京开公司卖他的软件。
: 好像最近被清华聘为讲座教授？
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日01:02:17 星期六), 站内信件
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哈哈，那天高性能计算部经理请客吃饭啊，你没去。 ^_^
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 你什么时候跟他一块吃饭了
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日12:53:30 星期六), 转信
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不过看他指导学生倒是很有方法的样子
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 我名人知道的少，他象谁啊？ 如果不是去看他的网站，我真不相信他是做Research,倒像
: 是公司总裁啊。
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日12:57:37 星期六), 转信
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sigh, 你赶紧出名把，这件事就可以成为feynman八卦之一了
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 呵呵，我们上课时觉得他很搞笑，而且个头身材长相都很像冯巩大叔，所以我上去问问题
: 时都称他冯老师，他好像也没在意：））
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作者 SuperNature (aggressive), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日14:01:43 星期六), 转信
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hehe
李明是北大附中的吧
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 长相有点象，说话腔调也有点。 就是哪个北京的。。。
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作者 oyel (let it be), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日15:54:50 星期六), 转信
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今天在农园倒剩饭盘的时候碰到他了，他也在倒
罗sir介绍的，呵呵
巨热情，一上来就握手
两人都另一只手还拿着盘子呢，这是什么事嘛：）
我心想我大拇指上好象还有些油呢
于是没敢使劲捏
初次见面一紧张就不知说什么了
等我回头想问他个问题就不见了
比较像公司老总
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: PatternHunter: Fast and Sensitive Homology Search
: Ming Li
: School of Computer Science
: University of Waterloo
: Room 305W, Communication Centre, PKU
: 1:30-3:30 PM, Tue, 28 Oct,2003
: Homology search is the most fundamental task in bioinformatics. 10% of worl
: d's supercomputing time is consumed by Blast or Smith-Waterman dynamic progr
: amming, popular homology search programs designed over a decade ago. Genomic
: s data growth and the pharmaceuticals demand significantly faster, more sens
: ...........................
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月25日21:25:01 星期六), 转信
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很形象呀
【 在 oyel (let it be) 的大作中提到: 】
: 今天在农园倒剩饭盘的时候碰到他了，他也在倒
: 罗sir介绍的，呵呵
: 巨热情，一上来就握手
: 两人都另一只手还拿着盘子呢，这是什么事嘛：）
: 我心想我大拇指上好象还有些油呢
: 于是没敢使劲捏
: 初次见面一紧张就不知说什么了
: 等我回头想问他个问题就不见了
: 比较像公司老总
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月26日00:23:08 星期天), 转信
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【 在 oyel (let it be) 的大作中提到: 】
: 今天在农园倒剩饭盘的时候碰到他了，他也在倒
: 罗sir介绍的，呵呵
: 巨热情，一上来就握手
: 两人都另一只手还拿着盘子呢，这是什么事嘛：）
: 我心想我大拇指上好象还有些油呢
我觉得他肯定是觉得手上的油太多了。。。
: 于是没敢使劲捏
: 初次见面一紧张就不知说什么了
: 等我回头想问他个问题就不见了
: 比较像公司老总
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作者 biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月29日18:33:51 星期三), 转信
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听了一下，确实比blastn要好很多.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 一年半之前，李教授在评价BLAST：nothing can be worse的时候，就喋喋不休的吹乎
: 他的ph如何之好，呵呵。
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作者 lylover (裸搞perl&轻吻cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: PatternHunter: 李明的报告
时间 北大未名站 (2003年10月29日22:06:45 星期三), 转信
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是啊，比Blastn快，比Mega-blast精度高。不过李教授又说了：做blast一帮人好像是以
后改进的时候，用了他们的算法。。。
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
听了一下，确实比blastn要好很多.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 一年半之前，李教授在评价BLAST：nothing can be worse的时候，就喋喋不休的吹乎
: 他的ph如何之好，呵呵。
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