[合集]讨论点问题把
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]讨论点问题把
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:37:11 星期天), 站内信件
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:59:25 星期五), 转信
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有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下?
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:01:34 星期五), 转信
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不好意思，你是指结构对接还是序列对接。。。汗。。。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下?
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:03:01 星期五), 转信
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当然是结构呀
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 不好意思，你是指结构对接还是序列对接。。。汗。。。
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:03:26 星期五), 转信
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没研究过...
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 当然是结构呀
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:05:30 星期五), 转信
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docking么？前段时间wwwpeking对autodock有些评价，认为他的算法不算很好，不过改进
起来不容易。
我们这边主要是刘海燕老师做这个，有一个deco-block的重头设计的药物辅助设计的软件
目前已经测试了，不知道什么时候可以release出来。采用重头的算法，不需要数据库的
搜索。
他们也做做动力学啊，用gromos，参数改的比较多，也有不少优化。docking算法就不知
道了。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下?
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:07:07 星期五), 转信
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ft! lazy是哪个实验室的？你不是以为他是华大的吧？呵呵
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
不好意思，你是指结构对接还是序列对接。。。汗。。。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 有谁对对接算法比较熟悉, 评价一下?
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:08:34 星期五), 转信
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等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。
这个版上做结构的还有谁呀？
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 没研究过...
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:09:05 星期五), 转信
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我主要想说的是几何匹配搜索的问题, 后面的打分先不管. 暂且不考虑对接中的柔性,
搜索的自由度一共是6个, autodock直接用的遗传算法, 比较慢
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: docking么？前段时间wwwpeking对autodock有些评价，认为他的算法不算很好，不过改进
: 起来不容易。
: 我们这边主要是刘海燕老师做这个，有一个deco-block的重头设计的药物辅助设计的软件
: 目前已经测试了，不知道什么时候可以release出来。采用重头的算法，不需要数据库的
: 搜索。
: 他们也做做动力学啊，用gromos，参数改的比较多，也有不少优化。docking算法就不知
: 道了。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:11:01 星期五), 转信
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。
hehe, 这个好像不应该是基于结构的设计呀
: 这个版上做结构的还有谁呀？
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:12:19 星期五), 转信
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lazy同学。。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。
这个版上做结构的还有谁呀？
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 没研究过...
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:12:30 星期五), 转信
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有用Monte Carlo的吗？不知道ICM中的docking用的什么方法？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 我主要想说的是几何匹配搜索的问题, 后面的打分先不管. 暂且不考虑对接中的柔性,
: 搜索的自由度一共是6个, autodock直接用的遗传算法, 比较慢
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:14:19 星期五), 转信
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恩，应该是有关系的。这个linker必须保证两个protein直接在结构上不会互相干扰，呵
呵，要在体内有功能还要长晶体的。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: hehe, 这个好像不应该是基于结构的设计呀
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:15:07 星期五), 转信
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看了看以前的文章, 对于平动的三个自由度, 可以直接用解析的方法搜索, 不过对于
转动的那三个自由度那篇文章里面给的是系统搜索的方法
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 有用Monte Carlo的吗？不知道ICM中的docking用的什么方法？
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:17:26 星期五), 转信
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光这样的直接用甘氨酸或者丙氨酸链连起来结构一定不会有碰撞, 应该还有别的要求的把
不过即使这样感觉还是以基于知识的设计为主
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 恩，应该是有关系的。这个linker必须保证两个protein直接在结构上不会互相干扰，呵
: 呵，要在体内有功能还要长晶体的。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:24:11 星期五), 转信
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还有就是不能干扰正常的folding，所以直接的甘氨酸和丙氨酸是不理想的。这好像也只
是试验规律。不过的确设计上是基于知识的，反正最后我就直接把类似的一个融合表达载
体上的序列翻过来拉倒了，好像大家用的linker都差不多就那么几种，呵呵
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 光这样的直接用甘氨酸或者丙氨酸链连起来结构一定不会有碰撞, 应该还有别的要求的把
: 不过即使这样感觉还是以基于知识的设计为主
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:43:28 星期五), 转信
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看了一下, autodock最初用的就是Monte Carlo模拟退火算法
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 有用Monte Carlo的吗？不知道ICM中的docking用的什么方法？
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日03:06:01 星期五), 转信
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国内有人有ICM么？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 有用Monte Carlo的吗？不知道ICM中的docking用的什么方法？
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日03:50:34 星期五), 转信
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有也不给你。省得到时候你把我送去吃官司了。。记得你说过你在公司呆过。好像已经有
人倒过霉了，我还是小心一点。
不过我老板说也就2500个美刀，用得着当然是买了，可惜啊，我是绝对不做结构方面的。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
国内有人有ICM么？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 有用Monte Carlo的吗？不知道ICM中的docking用的什么方法？
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日04:39:10 星期五), 转信
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好像不是购买的，我去他们网页的时候，
是说让我提供一个邮件。
说如果我提供的邮件在他的邮件列表力就可以用。
又不是商业软件，不至于吧。
反正我在公司的时候没有抓过人，现在就不清楚了。
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 有也不给你。省得到时候你把我送去吃官司了。。记得你说过你在公司呆过。好像已经有
: 人倒过霉了，我还是小心一点。
: 不过我老板说也就2500个美刀，用得着当然是买了，可惜啊，我是绝对不做结构方面的。
: 国内有人有ICM么？
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作者 Amersham (没有唐僧的国庆节), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日12:45:25 星期五), 转信
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嗯？这个怎么没有映像阿
前面关于这个linker的水还在吗？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 等kingsql吧。。。曾经为设计一个linker把两个protein连起来就废了一水的劲。
: 这个版上做结构的还有谁呀？
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 讨论点问题把
时间 北大未名站 (2003年10月03日13:52:53 星期五), 转信
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你错了，那个e-mail的主人是要掏钱的。ICM不是商业软件，而是非常贵的商业软件。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
好像不是购买的，我去他们网页的时候，
是说让我提供一个邮件。
说如果我提供的邮件在他的邮件列表力就可以用。
又不是商业软件，不至于吧。
反正我在公司的时候没有抓过人，现在就不清楚了。
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 有也不给你。省得到时候你把我送去吃官司了。。记得你说过你在公司呆过。好像已经有
: 人倒过霉了，我还是小心一点。
: 不过我老板说也就2500个美刀，用得着当然是买了，可惜啊，我是绝对不做结构方面的。
: 国内有人有ICM么？
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2004/9/23 2:05:00
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