Protege owl api 有两种方式读取。
第一种，是通过调用方法ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(fileurl) 直接读取owl文件成OWLModel (JenaOWLModel) ， 这样，我用OWLModel .getOWLNamedClass("领域本体") 方法 （假设我本体中有一个叫“领域本体”的类），是可以搜索得到这个 领域本体的类（OWLNamedClass）出来，然后用panel显示树状结构。
代码
  OWLNamedClass owlLogisticsThingClass = owlModel.getOWLNamedClass("领域本体");
   SelectOWLClsesPanel panel = new SelectOWLClsesPanel(owlModel, Collections.singleton(owlLogisticsThingClass));
     
     JFrame f = new JFrame();
     f.setSize(300, 700);
     f.setContentPane(panel);
     f.setVisible(true);
这个可以正常显示。

  第二种方法是，我按照 http://protegewiki.stanford.edu/wiki/ConvertingToDatabaseProject 的方法把owl存入到mysql中。
  然后用 http://protegewiki.stanford.edu/wiki/LoadOWLOntologyFromDB 中的方法2 从数据库中读取本体出来，成OWLModel 。
  现在的奇怪现象是，我可以用
  Collection classes = owlModel.getUserDefinedOWLNamedClasses();  获取到没有乱码的类名。
  但是调用
OWLNamedClass owlLogisticsThingClass = owlModel.getOWLNamedClass("领域本体");  就搜到到乱码的class了。
   
   后来经过对比，发现第一种方法 的owlmode是JenaOWLModel ，而第二种从数据库中读取的owlmodel是 OWLDatabaseModel ，两个都是OWLModel 接口的实现，但是不知道为啥 OWLDatabaseModel .getOWLNamedClass 就不支持中文。
   
   我想做的是本体编辑工具，是想针对大本体来做，所有只能选择存到数据库中。

   另外，我已经对Eclipse的编码，owl文件，Mysql 的encoding都变成UTF8的了。
   
   哎~请问高手没有没有遇到过这个问题~？现在都不知道如何解决好了。