[合集]关于clustalw程序                

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]关于clustalw程序
发信站: 北大未名站 (2003年05月16日13:20:58 星期五), 转信

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作者  solomn (风的影子~~郁闷中), 信区: Bioinformatics                        
标题  请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                          
时间  北大未名站 (2003年05月03日10:41:31 星期六), 转信                       
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我最近需要用这个程序做东西,哪位大虾有这个程序,请站内联系,
小弟不胜感激

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月03日12:05:26 星期六), 转信                       
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ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/softwares/dos/

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作者  solomn (风的影子~~郁闷中), 信区: Bioinformatics                        
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月03日12:38:01 星期六), 转信                       
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谢谢

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月03日14:48:03 星期六), 转信                       
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北大的版本是不是有点old了？是1.83的么？
谢谢

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月03日19:21:16 星期六), 转信                       
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这个，无所谓。
1.81很稳定，倒是那个1.83似乎有bug——我是指linux下面的
win下面clustalw1.83没有试过。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月04日13:36:32 星期天), 转信                       
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谢谢。不过，说实在的，clustalW快要被淘汰了。建议你使用POA，
UCLA的新玩意儿，是dynamics的线性算法的。Clustal再怎么说也是
启发式的，不怎么可靠。不过这个POA很难用，学的我头很大。稍后
我会在这里讨论的。

这个，无所谓。
1.81很稳定，倒是那个1.83似乎有bug——我是指linux下面的
win下面clustalw1.83没有试过。

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月04日14:37:32 星期天), 转信                       
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期待中……
呵呵

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月04日23:31:00 星期天), 转信                       
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你是说MSADynamic Programming会有线性时间的Solution？
hehe，这个不太可能吧？
否则，岂不是说NP = P了？:)

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月05日11:32:31 星期一), 转信                       
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哼哼，土了吧？这是一个USLA的校友告诉我的。MSA用耳朵想也知道是
个NP问题，不过当然需要一些近似算法来做了。去年在清华听课的时候，
主讲李明教授就说：目前印度有可以解NP问题的算法。。。我考，不
知道是不是真的，反正当时一片哗然，这意味着什么？量子计算机不
用搞了，目前世界上所有的密码系统也可以不要了。。。呵呵。
POA用的是图形算法。我正在看是怎么回事。

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月05日13:22:29 星期一), 转信                       
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hehe，那这样还是一个启发式的近似算法啊……
去年李明的课没去听，但偶猜他指的可能是在施加一些特定约束条件的
情况下将一个NP-Complete问题转化为P时间的Solution吧？

图形算法？
你说的应该是图论（Graphics Theory）吧？:)

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月06日21:03:52 星期二), 转信                       
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对，其实我看了一下，就是走一个最短路经。然后给出concensus的序列。
别人说比clustalx好很多，至于究竟怎么个好法呢，我就不清楚了。
但是有一点，这个软件可以做spliceome，就是拼接异构体的组学。UCLA
已经做完了这部分的工作。nature genetics最近几期会出这篇文章，
这个工具是缺不了的。

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月06日21:13:55 星期二), 转信                       
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就算是也不一定了, 比如解线性规划的单纯形法就不是多项式时间算法,
但是一般情况算得比另外一种多项式时间算法要快

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月06日21:16:49 星期二), 转信                       
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不是的，这个程序POA，用google搜吧，好像源程可以下载。的确是
现行的算法。对算法我了解不多。只是知道名称。说到底，结果决定
一切。即使你的算法再好，总是预测不准，也没有意思。

就算是也不一定了, 比如解线性规划的单纯形法就不是多项式时间算法,
但是一般情况算得比另外一种多项式时间算法要快

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月06日22:39:54 星期二), 转信                       
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看来应该是基于Eular图的算法，UCLA有一个大哥一直在做着方面的工作
但是有一点，这种算法并不考虑任意GAP的插入，因而相当于将插入/删除序列限制在一个
给定的区间内，从而将NP-Complete问题转化为一个P问题
当然，这也限制了它（从理论上）无法给出最优的结果:)

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月08日12:33:06 星期四), 转信                       
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评价得很好。的确如此。NP问题的线性解法，总是要有些近似的，不
然就有点奇怪了。

看来应该是基于Eular图的算法，UCLA有一个大哥一直在做着方面的工作
但是有一点，这种算法并不考虑任意GAP的插入，因而相当于将插入/删除序列限制在一个
给定的区间内，从而将NP-Complete问题转化为一个P问题
当然，这也限制了它（从理论上）无法给出最优的结果:)

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月09日13:06:15 星期五), 转信                       
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hehe，这到也未必……
比如求解某集合幂级的问题，就不可能有线性时间的解……

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月10日14:13:11 星期六), 转信                       
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完了，完了，你老兄要是给我将算法，我就挂了，谁叫当时上计算机
的课的时候基本上都去打游戏了，唉，惨啊。
不过那天朋友告诉我，说POA主要是速度优势。至于其他的，没有经过
太多的验证。毕竟ClustalW稳居多序列比对最佳软件已经N年，启发式
算法的地位，一时半会儿不见的撼得动。而且，POA的界面也很不友好，
搞不清楚做得那么复杂干什么。
不过感觉是这样的，如果做很多，或是很大的gene片段，比如10万左
右的gene片段n个，用clustalw的时候居然死机了！这下我得试试POA

hehe，这到也未必……
比如求解某集合幂级的问题，就不可能有线性时间的解……

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月11日13:44:55 星期天), 转信                       
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hehe，其实clustalW主要还是大家用习惯了……
实际上就MSA而言，除了它以外，还有很多其它的软件也都很不错，如SAGA, RRRP等

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 请问谁有clustalw程序,帮帮忙啊                                      
时间  北大未名站 (2003年05月12日12:28:50 星期一), 转信                       
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嗯，那倒是，用起来还是很顺手。对于几百个aa的序列，处理25条
左右的多序列比对，好像也就是几分钟。不过是这样啦，算蛋白序列
可能还好一点，要是算核酸序列，动辄几万，要是挑的再多一些，比
如100条左右，呵呵，有的算了。