[合集]关于不依赖于序列比对的基因功能预

发信人: kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]关于不依赖于序列比对的基因功能预测
发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:15:13 星期天), 转信

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                     
时间  北大未名站 (2003年11月11日21:06:23 星期二), 转信                       
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对于所谓孤儿基因的功能分析，目前似乎只能通过一些不依赖于序列比对的方法来进行，
显然置信度会大打折扣，但是总是会获得一些有用信息比没有强。

我目前所知的，主要有
1.基于序列组分性质分析。
2.基于蛋白质翻译后修饰及亚细胞定位特征的功能预测
3.基于结构预测和结构比对的方法
4.基于蛋白质－底物/配体的识别，蛋白质－蛋白质互作预测

不知道大家还知道什么别的方法，能不能给介绍一下我觉得这也是序列生物消息学里面一
个很有趣也很有挑战性的命题。

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作者  Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月11日21:22:27 星期二), 转信                       
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【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 对于所谓孤儿基因的功能分析，目前似乎只能通过一些不依赖于序列比对的方法来进行，
: 显然置信度回大大折扣，但是总比没有一点会强点。
: 我目前所知的，主要有
: 1.基于序列组分性质分析。
: 2.基于蛋白质翻译后修饰及亚细胞定位特征的功能预测
: 3.基于结构预测和结构比对的方法
～～～～～～～～～～～～～～～～～～这个课题，应该可以基于生物信息学来完成；
                                    不过，可能很难出结果，至少时间很长啊。

: 4.基于蛋白质－底物/配体的识别，蛋白质－蛋白质互作预测
: 不知道大家还知道什么别的方法，能不能给介绍一下我觉得这也是序列生物消息学里面一
: 个很有趣也很有挑战性的命题。

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月11日22:31:44 星期二), 转信                       
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faint...

不灌了，过节去了

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月11日22:58:14 星期二), 转信                       
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sigh...咱就不需要过什么节了。刚发完群信。
感觉有必要说说，几个问题，我本人觉得有意思啦。

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
faint...

不灌了，过节去了

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日11:16:57 星期三), 转信                       
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这个吗，
还可以加上表达数据，cofusion数据吧。
【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 对于所谓孤儿基因的功能分析，目前似乎只能通过一些不依赖于序列比对的方法来进行，
: 显然置信度会大打折扣，但是总是会获得一些有用信息比没有强。
: 我目前所知的，主要有
: 1.基于序列组分性质分析。
: 2.基于蛋白质翻译后修饰及亚细胞定位特征的功能预测
: 3.基于结构预测和结构比对的方法
: 4.基于蛋白质－底物/配体的识别，蛋白质－蛋白质互作预测
: 不知道大家还知道什么别的方法，能不能给介绍一下我觉得这也是序列生物消息学里面一
: 个很有趣也很有挑战性的命题。

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日11:58:30 星期三), 转信                       
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en！
使用overlapping transcriptional clusters是预测功能的一种办法。

关于cofusion，记得以前见过一篇好像题名是prediction function through gene
fusion event，但是现在怎么找也找不到了，谁给提示一下？

【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 这个吗，
: 还可以加上表达数据，cofusion数据吧。

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日12:11:48 星期三), 转信                       
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gene fusion 不就是eisenberg的那个rosseta stone method吗

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: en！
: 使用overlapping transcriptional clusters是预测功能的一种办法。
: 关于cofusion，记得以前见过一篇好像题名是prediction function through gene
: fusion event，但是现在怎么找也找不到了，谁给提示一下？

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日13:11:28 星期三), 转信                       
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Nod

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: gene fusion 不就是eisenberg的那个rosseta stone method吗

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日17:20:13 星期三), 转信                       
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不过我个人的看法
这种function prediction的主要意义是用来在genome scale揭示一些general
pattern
对于具体的一个基因，作用有限
最后还是要靠做实验的

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 对于所谓孤儿基因的功能分析，目前似乎只能通过一些不依赖于序列比对的方法来进行，
: 显然置信度会大打折扣，但是总是会获得一些有用信息比没有强。
: 我目前所知的，主要有
: 1.基于序列组分性质分析。
: 2.基于蛋白质翻译后修饰及亚细胞定位特征的功能预测
: 3.基于结构预测和结构比对的方法
: 4.基于蛋白质－底物/配体的识别，蛋白质－蛋白质互作预测
: 不知道大家还知道什么别的方法，能不能给介绍一下我觉得这也是序列生物消息学里面一
: 个很有趣也很有挑战性的命题。

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日18:18:18 星期三), 转信                       
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其实所有生物信息学计算预测得到的东西，都只能说是一个
indication而已。尤其在genome scale上面，真真假假就很难说了。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 不过我个人的看法
: 这种function prediction的主要意义是用来在genome scale揭示一些general
: pattern
: 对于具体的一个基因，作用有限
: 最后还是要靠做实验的

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日21:14:30 星期三), 转信                       
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有总比没有好啊。实验也不是说绝对可靠的。His-tag难溶，GST易降解，2-hybrid假阳性
高，质谱噪声大，RNAi又贵又不work，IP难度高，抗体活性不好，免疫荧光样品难制备，
一般都需要几个实验手段综合起来说明一个问题。
想了解一个蛋白的全部功能，最好的当然是先做其定位，然后筛出它的相互作用蛋白，然
后一对一对的，至少拿几种方法验证。然后观察一下，缺失该种相互作用之后的细胞表型
。鉴定一个蛋白的相互作用，需要的时间，我说过了，一年半吧，如果你的速度够快，还
要顺风顺水才可以。二老板告诉我，他老板做postdoc的时候，发现一个新的蛋白，做了
五十年，最后证明是个不重要的蛋白，就这样，现在还是可以申请研究资金做下去。

说实验验证，是啊，挨个做，做全套，得多少年？你这种说法，我感觉就是：一盒火柴是
不是每根都能划得着啊？最好的办法是，每个都划一下。。。然后你还能卖得出去？再比
如天气预报，你明天要乘飞机去东京，天气预报说要下暴雨，建议不要做飞机，可能有危
险。你是不是一定要试一下，看看飞机是不是真的从天上掉下来，才会去相信？

要sure一个东西，当然是等它发生了之后，一切已经成定局，那说什么都可以。

你最后一句话说得好轻松啊，咱实验室的人最喜欢说的就是这一句话，一般是，说了这句
话我就走人，没得说了。

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 不过我个人的看法
: 这种function prediction的主要意义是用来在genome scale揭示一些general
: pattern
: 对于具体的一个基因，作用有限
: 最后还是要靠做实验的

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日22:35:19 星期三), 转信                       
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呵呵，给你说的这实验就没法作了，其实你好像也没做过几天实验吧，怎么这么多牢骚？

运气是很重要，也的确有很多biologist是笃信supermaster的存在的，但是见过很多的例
子，同样的材料同样的方法同样的背景，有人的工作发了cell，有人却只能发BBA，这其
中的差别不是几个“运气”就可以概括得吧？必须承认，在作科研这方面，人和人是绝对
有差别的。

【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 有总比没有好啊。实验也不是说绝对可靠的。His-tag难溶，GST易降解，2-hybrid假阳性
: 高，质谱噪声大，RNAi又贵又不work，IP难度高，抗体活性不好，免疫荧光样品难制备，
: 一般都需要几个实验手段综合起来说明一个问题。
: 想了解一个蛋白的全部功能，最好的当然是先做其定位，然后筛出它的相互作用蛋白，然
: 后一对一对的，至少拿几种方法验证。然后观察一下，缺失该种相互作用之后的细胞表型
: 。鉴定一个蛋白的相互作用，需要的时间，我说过了，一年半吧，如果你的速度够快，还
: 要顺风顺水才可以。二老板告诉我，他老板做postdoc的时候，发现一个新的蛋白，做了
: 五十年，最后证明是个不重要的蛋白，就这样，现在还是可以申请研究资金做下去。
: 说实验验证，是啊，挨个做，做全套，得多少年？你这种说法，我感觉就是：一盒火柴是
: 不是每根都能划得着啊？最好的办法是，每个都划一下。。。然后你还能卖得出去？再比
: ...........................

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月12日23:38:41 星期三), 转信                       
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差别就大了。。。老板的片子拿去做cell封面，实验室其他的人无论怎么做，离老板的水
平都差的n远。人与人之间本来差别就很大。凭什么两个人要一样啊？我就算再不照，谁
敢跟我比泡。。的？

我没做过几天实验，并不表示实验的东西我不清楚啊？隔几天我要跑下去问问他们实验的
进展，存在的问题，一些新技术。要是这个都不知道，那个，我还算我们实验室的么？

运气当然重要了。咱实验室有个师兄，做东西，所有的人做，就是做不出来，他一做就能
很顺利，弄的老板很高兴地评价，我们实验室今年的两大新的最有意思的工作之一，就是
这个。准备冲顶尖杂志，呵呵。这个师兄运气之好没话说的。本身技术有很强，一个实验
做了全套，什么IP,2-hybrid,gst,等等，漂亮的没话说了。而且他接着又提出一套全新的
模型来解释这个问题，连老板都说：JBC都不怎么要求有个模型的，JCB以上才会要求有模
型。。。

我又想起清华的李亚东老师，当年做金刚石的合成，全世界的人做，都是一个结果，就是
爆炸。他后来对我说：我怎么怎么做就是不炸呢？

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 呵呵，给你说的这实验就没法作了，其实你好像也没做过几天实验吧，怎么这么多牢骚？
: 运气是很重要，也的确有很多biologist是笃信supermaster的存在的，但是见过很多的例
: 子，同样的材料同样的方法同样的背景，有人的工作发了cell，有人却只能发BBA，这其
: 中的差别不是几个“运气”就可以概括得吧？必须承认，在作科研这方面，人和人是绝对
: 有差别的。

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作者  spiro (雨), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日00:01:27 星期四), 转信                       
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这样评价这些试验方法未免有些片面了 呵呵
而且 his-tag和gst好像反了吧。。。。。。。。。。

其实很多时候不需要狠玄乎的方法也可以作出很有意思的东西
当然前提是idea绝对要好
不过现在大部分人做东西都是砸钱 砸多少钱就上多少级别的杂志

说道方法 说道实验手段 偶又想起一个同学跟我说的话
她说她出国的一大动力就是可以用最好的试剂盒。。。。。。

【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 有总比没有好啊。实验也不是说绝对可靠的。His-tag难溶，GST易降解，2-hybrid假阳性
: 高，质谱噪声大，RNAi又贵又不work，IP难度高，抗体活性不好，免疫荧光样品难制备，
: 一般都需要几个实验手段综合起来说明一个问题。
: 想了解一个蛋白的全部功能，最好的当然是先做其定位，然后筛出它的相互作用蛋白，然
: 后一对一对的，至少拿几种方法验证。然后观察一下，缺失该种相互作用之后的细胞表型
: 。鉴定一个蛋白的相互作用，需要的时间，我说过了，一年半吧，如果你的速度够快，还
: 要顺风顺水才可以。二老板告诉我，他老板做postdoc的时候，发现一个新的蛋白，做了
: 五十年，最后证明是个不重要的蛋白，就这样，现在还是可以申请研究资金做下去。
: 说实验验证，是啊，挨个做，做全套，得多少年？你这种说法，我感觉就是：一盒火柴是
: 不是每根都能划得着啊？最好的办法是，每个都划一下。。。然后你还能卖得出去？再比
: ...........................

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日00:12:14 星期四), 转信                       
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no,no,no,那你就错大了。首先要考虑到我的立场，当然是站在一个“很希望自己看起来
酷似一个”bioinformatist的角度。要搞清楚的是，做实验的人，对我们做计算的人的口
诛笔伐，并不是几句话就可以说全面的。如果连我这种喜欢讽刺别人的人都不给一点讥讽
的话，岂不显得做计算的人太喜欢息事宁人了？

idea绝对好。哼哼，说的是蛮轻松的，但这个显然最难的一关。老指望自己有上帝之手般
的灵感。。。不现实的。这个说了跟没说没有区别。

his和gst可能是说错了。因为有个做实验很久的师弟向我抱怨过。记得不大清。反正是知
道一点：没有完美的方法。笑话来笑话去，五十步笑一百步。

【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: 这样评价这些试验方法未免有些片面了 呵呵
: 而且 his-tag和gst好像反了吧。。。。。。。。。。
: 其实很多时候不需要狠玄乎的方法也可以作出很有意思的东西
: 当然前提是idea绝对要好
: 不过现在大部分人做东西都是砸钱 砸多少钱就上多少级别的杂志
: 说道方法 说道实验手段 偶又想起一个同学跟我说的话
: 她说她出国的一大动力就是可以用最好的试剂盒。。。。。。

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日00:57:56 星期四), 转信                       
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ai, 你从哪里得出的 做实验的对做计算的口诛笔伐 的阿
你们实验室是这个样子不代表整个世界也是这个样子的
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: no,no,no,那你就错大了。首先要考虑到我的立场，当然是站在一个“很希望自己看起来
: 酷似一个”bioinformatist的角度。要搞清楚的是，做实验的人，对我们做计算的人的口
: 诛笔伐，并不是几句话就可以说全面的。如果连我这种喜欢讽刺别人的人都不给一点讥讽
: 的话，岂不显得做计算的人太喜欢息事宁人了？
: idea绝对好。哼哼，说的是蛮轻松的，但这个显然最难的一关。老指望自己有上帝之手般
: 的灵感。。。不现实的。这个说了跟没说没有区别。
: his和gst可能是说错了。因为有个做实验很久的师弟向我抱怨过。记得不大清。反正是知
: 道一点：没有完美的方法。笑话来笑话去，五十步笑一百步。

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日01:01:53 星期四), 转信                       
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谁和你说要一个一个轮着做了阿
q value的一个目的，就是为了让你在算 选出candidate 做experiments的
时候，基本上做实验test的都是有用的东西
怎么和那些做实验的人谈是很重要的了，当然你要是真碰上什么都不信的人
趁早闪了就好了

【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 有总比没有好啊。实验也不是说绝对可靠的。His-tag难溶，GST易降解，2-hybrid假阳性
: 高，质谱噪声大，RNAi又贵又不work，IP难度高，抗体活性不好，免疫荧光样品难制备，
: 一般都需要几个实验手段综合起来说明一个问题。
: 想了解一个蛋白的全部功能，最好的当然是先做其定位，然后筛出它的相互作用蛋白，然
: 后一对一对的，至少拿几种方法验证。然后观察一下，缺失该种相互作用之后的细胞表型
: 。鉴定一个蛋白的相互作用，需要的时间，我说过了，一年半吧，如果你的速度够快，还
: 要顺风顺水才可以。二老板告诉我，他老板做postdoc的时候，发现一个新的蛋白，做了
: 五十年，最后证明是个不重要的蛋白，就这样，现在还是可以申请研究资金做下去。
: 说实验验证，是啊，挨个做，做全套，得多少年？你这种说法，我感觉就是：一盒火柴是
: 不是每根都能划得着啊？最好的办法是，每个都划一下。。。然后你还能卖得出去？再比
: ...........................

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日01:12:48 星期四), 转信                       
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活活，果然说得我想发飚还没有脾气。不过咱今天心情好。有个师兄郑重承诺：把他的
2-hybrid的raw data给我用。和和，其他人也给。我们实验室能搜到7，8组不成问题。做
一轮要花1个多月，省我很多时间了。得意洋洋啊。

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 谁和你说要一个一个轮着做了阿
: q value的一个目的，就是为了让你在算 选出candidate 做experiments的
: 时候，基本上做实验test的都是有用的东西
: 怎么和那些做实验的人谈是很重要的了，当然你要是真碰上什么都不信的人
: 趁早闪了就好了

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日01:13:27 星期四), 转信                       
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那倒是。无所谓。我唧唧歪歪锻炼身体。。。

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】

ai, 你从哪里得出的 做实验的对做计算的口诛笔伐 的阿
你们实验室是这个样子不代表整个世界也是这个样子的
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: no,no,no,那你就错大了。首先要考虑到我的立场，当然是站在一个“很希望自己看起来
: 酷似一个”bioinformatist的角度。要搞清楚的是，做实验的人，对我们做计算的人的口
: 诛笔伐，并不是几句话就可以说全面的。如果连我这种喜欢讽刺别人的人都不给一点讥讽
: 的话，岂不显得做计算的人太喜欢息事宁人了？
: idea绝对好。哼哼，说的是蛮轻松的，但这个显然最难的一关。老指望自己有上帝之手般
: 的灵感。。。不现实的。这个说了跟没说没有区别。
: his和gst可能是说错了。因为有个做实验很久的师弟向我抱怨过。记得不大清。反正是知
: 道一点：没有完美的方法。笑话来笑话去，五十步笑一百步。

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日09:44:23 星期四), 转信                       
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你们是做什么生物的two-hybrid?
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 活活，果然说得我想发飚还没有脾气。不过咱今天心情好。有个师兄郑重承诺：把他的
: 2-hybrid的raw data给我用。和和，其他人也给。我们实验室能搜到7，8组不成问题。做
: 一轮要花1个多月，省我很多时间了。得意洋洋啊。

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作者  chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics                      
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日12:49:46 星期四), 转信                       
───────────────────────────────────────
羡慕阿..
可以拿到第一手数据...
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 活活，果然说得我想发飚还没有脾气。不过咱今天心情好。有个师兄郑重承诺：把他的
: 2-hybrid的raw data给我用。和和，其他人也给。我们实验室能搜到7，8组不成问题。做
: 一轮要花1个多月，省我很多时间了。得意洋洋啊。

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日13:10:34 星期四), 转信                       
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呵呵，拿不到数据我还不得自己做？那重复工作岂不是很不爽？
反正他们单做一个2-hybrid也不能发文章。我用用多好。

【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
羡慕阿..
可以拿到第一手数据...
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 活活，果然说得我想发飚还没有脾气。不过咱今天心情好。有个师兄郑重承诺：把他的
: 2-hybrid的raw data给我用。和和，其他人也给。我们实验室能搜到7，8组不成问题。做
: 一轮要花1个多月，省我很多时间了。得意洋洋啊。

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作者  spiro (雨), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日14:45:12 星期四), 转信                       
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那出了成果怎么分赃呢
我一个实验室的师姐就不肯把数据给我 怕我自己写了文章 ft
【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，拿不到数据我还不得自己做？那重复工作岂不是很不爽？
: 反正他们单做一个2-hybrid也不能发文章。我用用多好。
: 羡慕阿..
: 可以拿到第一手数据...

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日14:46:54 星期四), 转信                       
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没搞错把，一个实验室还这样。她难道还是计算实验通吃?
【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: 那出了成果怎么分赃呢
: 我一个实验室的师姐就不肯把数据给我 怕我自己写了文章 ft

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作者  spiro (雨), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日14:47:08 星期四), 转信                       
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应该是问那个protein的Y2H吧
做一个生物的Y2H。。。。。。。国内有没有实验室可以这样做？
【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 你们是做什么生物的two-hybrid?

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作者  spiro (雨), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日14:52:26 星期四), 转信                       
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呵呵 其实她文章已经写好了 我帮她找另外一个东西的时候发现可以做进一步的分析
如果数据足够好的话可以做个新的modle出来
怪我多嘴把这个model的前景讲的太好了 她可能觉得这样自己太亏了 -_-
原来想让老板去催她 后来想想过几个月她毕业了 数据还是我的
就懒得去催了 把方法搞清楚先 :)
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 没搞错把，一个实验室还这样。她难道还是计算实验通吃?

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作者  chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics                      
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日16:43:52 星期四), 转信                       
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看lylover口气很大的样子阿...
说要顶极杂志艾.. 觉得他们老板很有钱的样子
【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: 应该是问那个protein的Y2H吧
: 做一个生物的Y2H。。。。。。。国内有没有实验室可以这样做？

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日21:37:17 星期四), 转信                       
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虽然是新人，但显然不是菜鸟，所以先丢你一砖头，嘿嘿

lylover关于his－tag和GST的评价似乎没有反吧，呵呵，你再想想看？
至于砸钱，呵呵，那也是有讲究的啦，XYS上面不知道多少关于投了多少多少$却没结果
的故事，虽然XYS很烦人，但是不得不承认，故事是真的。。。

试剂盒感觉不是什么问题，偶呆的两个实验室试剂盒基本都是直接进口的，所以没什么感
觉，呵呵最ft的就是曾经用promega的kit鉴定链接产物，一次就是20个，真爽。。。

【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: 这样评价这些试验方法未免有些片面了 呵呵
: 而且 his-tag和gst好像反了吧。。。。。。。。。。
: 其实很多时候不需要狠玄乎的方法也可以作出很有意思的东西
: 当然前提是idea绝对要好
: 不过现在大部分人做东西都是砸钱 砸多少钱就上多少级别的杂志
: 说道方法 说道实验手段 偶又想起一个同学跟我说的话
: 她说她出国的一大动力就是可以用最好的试剂盒。。。。。。

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日21:38:56 星期四), 转信                       
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他说的顶级好像就是 >JBC的意思。。。原话的意思就是这样了

【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
: 看lylover口气很大的样子阿...
: 说要顶极杂志艾.. 觉得他们老板很有钱的样子

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月13日21:56:01 星期四), 转信                       
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我不知道他师兄作的是什么，但是我知道的是，果蝇的interaction map已经出来了
data也快要release了。。。

【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
: 羡慕阿..
: 可以拿到第一手数据...

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作者  spiro (雨), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日00:41:48 星期五), 转信                       
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学生物就是好 一把话说死就可以挑毛病 嘿嘿
新手也来分析一把
假设其他条件都是一样的只是tag的区别
那么    GST tag ：MSPILG
        His tag ：HHHHHH
得到的fusion protein的前六个aa可以知道
根据蛋白质酶解/降解的N-末端规则，在E.coli中，Ｎ－末端Arg、Lys、Leu、Phe、Tyr和
Trp的半衰期为２分钟，而除脯氨酸外的其他氨基酸的半衰期均超过10小时；其次 位于近
氨基端的特异性内源赖氨酸残基是ubiquitin的受体，介导ub依赖的蛋白酶解。。。。。
据此看来确实是前者容易降解了 有个Leu 有个Pro
然后偶就想找个现成的工具算算那个更稳定 那个更容易降解  ft 越来越笨了 找了一圈
没找到 火大了 expasy上找了个算酶切位点的 选上all available enzymes and
chemicals
GST那六个aa有6种酶可以切9个位置 而his tag只有一种酶可以切 :(

看起来是his tag比gst更稳定了
虽然上面的分析看起来头头是道 其实没啥用 因为现在大家都又有米有聪明 都会选蛋白
酶缺陷的菌株 都用加点酶抑制剂 所以其实很多时候还是取决于你表达的蛋白了 实验室
做的一个蛋白就有自剪切的活性 做得烦死 ft 当然表达的蛋白能直接分泌出来就更方便
了 可惜大部分好做的事情都有人做过了 :(

砸钱的说法是因为觉得很多bioinfo可以做的东西一旦可以高通量的做就没什么技巧了 砸
钱 花时间 花头都在后头的分析里头
象克隆基因 表达蛋白这种技巧性太强的活没法标准化 也没法高通量的做 所以有些人觉
得bioinfo对他的wet experiment可有可无也是这个原因了

至于kit 有米的人和没米的人没有共同语言 不谈这个

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】

: 虽然是新人，但显然不是菜鸟，所以先丢你一砖头，嘿嘿
: lylover关于his－tag和GST的评价似乎没有反吧，呵呵，你再想想看？
: 至于砸钱，呵呵，那也是有讲究的啦，XYS上面不知道多少关于投了多少多少$却没结果
: 的故事，虽然XYS很烦人，但是不得不承认，故事是真的。。。
: 试剂盒感觉不是什么问题，偶呆的两个实验室试剂盒基本都是直接进口的，所以没什么感
: 觉，呵呵最ft的就是曾经用promega的kit鉴定链接产物，一次就是20个，真爽。。。

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日02:38:35 星期五), 转信                       
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sigh...某些人为什么就喜欢把自己打扮成万事通呢？明明不像嘛。

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
我不知道他师兄作的是什么，但是我知道的是，果蝇的interaction map已经出来了
data也快要release了。。。

【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
: 羡慕阿..
: 可以拿到第一手数据...

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日03:36:25 星期五), 转信                       
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ok,关于GST和His-tag的问题我要做一下检讨。以前上课的时候说了一下，His因为结了一
些H,蛋白结构容易发生变化，而导致蛋白的无活性，这样的事情，在我们实验室，属于司
空见惯的事情。GST可以很好的保持蛋白的构像，但是容易降解。这么解释没错吧？

按照你的说法，很多bioinfo可以做的东西一旦可以高通量的做就没什么技巧了,这个不见
得是对的。我随便挑篇ng，关于bioinfo的，你能重复出来的可能性都不大。比如以前那
个intron长短跟表达量的问题，不是没有技巧，而是技巧性很强的。至于纯实验，
bioinfo可以说，不在于有没有用，而在于你信不信。

说个很有意思的笑话。最近ESTs release出一批数据，我不知道Gnebank的规矩是不是改
了，反正资料上是说，raw data的annotation是通过自动程序进行的，是吧？我就不相信
NCBI会对每天那么多序列数据进行严格的标注。然后老板发现有个蛋白被标注成
XXX-similarity protein，XXX是一个动点蛋白。然后老板想都不想就拿去做抗体了，然
后再发信问我，是否这两个可能是相似的同源物。

两个都是人里的蛋白，2000aa以上，blastp相似性最高22%，核酸的相似性，最长14bp，
并且，没有5个以上连续相同的氨基酸保守（小block），没有10aa以上的保守的motif，
blastp的e-value为e-7。然后有师兄就问我能不能sure，我说：这样的同源性，基本上是
随机了。不能sure...老板已经在做抗体了。

师兄给我来了一句：bioinfo的结果，大家都比较相信发表了的，没发表就不相信。。。
然后我就郁闷了。那岂不是要等我做到黄花菜凉的时候，才有人会相信我？

不过我给师兄解释了一通，他还是赞成我的观点了。
【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: 学生物就是好 一把话说死就可以挑毛病 嘿嘿
: 新手也来分析一把
: 假设其他条件都是一样的只是tag的区别
: 那么    GST tag ：MSPILG
:         His tag ：HHHHHH
: 得到的fusion protein的前六个aa可以知道
: 根据蛋白质酶解/降解的N-末端规则，在E.coli中，Ｎ－末端Arg、Lys、Leu、Phe、Tyr和
: Trp的半衰期为２分钟，而除脯氨酸外的其他氨基酸的半衰期均超过10小时；其次 位于近
: 氨基端的特异性内源赖氨酸残基是ubiquitin的受体，介导ub依赖的蛋白酶解。。。。。
: 据此看来确实是前者容易降解了 有个Leu 有个Pro
: ...........................

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日03:43:05 星期五), 转信                       
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虽然有几个ugly如你的实验结果，令我师兄的一套完美理论有少许的瑕疵。不过不影响大
局。7-8个接近完美的实验，一套精彩的理论，这样的工作仅仅是JBC？JCB发掉都是在太
可惜了。JBC一般两到三个试验，不需要建立模型。JCS一到两个实验，不需要模型。JCB
需要4-5个实验，需要模型。Cell需要7-8个实验，需要模型。NCB与JCB的要求大致差不多
，Trends in cell biology要求比JCB和NCB高一点。

哼哼，我不做实验，有些常识性的东西，老板说了，我也不是听不见的。

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
他说的顶级好像就是 >JBC的意思。。。原话的意思就是这样了

【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
: 看lylover口气很大的样子阿...
: 说要顶极杂志艾.. 觉得他们老板很有钱的样子

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日12:27:00 星期五), 转信                       
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我这么说是因为那篇paper我看过了，他们的数据库我也大致瞄了一眼
7000多protein，20000多的interaction，以2-hybrid为主要技术基础，
确实做的很pp，加上先前yeast中的数据，很可以作一点东西的，当然
前提是有能力做。

【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: sigh...某些人为什么就喜欢把自己打扮成万事通呢？明明不像嘛。
: 我不知道他师兄作的是什么，但是我知道的是，果蝇的interaction map已经出来了
: data也快要release了。。。

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作者  spiro (雨), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日20:52:14 星期五), 转信                       
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这个这个。。。。。。。。。。。

降解的事情我想同样的条件还是GST容易降解些

至于蛋白质的活性绝对是his tag更能保持fusion protein的活性了 因为his tag比较小
不会对蛋白质的正确折叠造成影响 而GST比较大 一般都会造成fusion protein的不正确
折叠 形成包涵体 不具有正确的生物学活性

我倒是很想找点技巧性强点的bioinfo做做 因为实验室没有很多合适的数据。。。。。
不知道你说得无法重复是什么意思？ 想不通 无法重复的文章也可以发？

【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: ok,关于GST和His-tag的问题我要做一下检讨。以前上课的时候说了一下，His因为结了一
: 些H,蛋白结构容易发生变化，而导致蛋白的无活性，这样的事情，在我们实验室，属于司
: 空见惯的事情。GST可以很好的保持蛋白的构像，但是容易降解。这么解释没错吧？
: 按照你的说法，很多bioinfo可以做的东西一旦可以高通量的做就没什么技巧了,这个不见
: 得是对的。我随便挑篇ng，关于bioinfo的，你能重复出来的可能性都不大。比如以前那
: 个intron长短跟表达量的问题，不是没有技巧，而是技巧性很强的。至于纯实验，
: bioinfo可以说，不在于有没有用，而在于你信不信。
: 说个很有意思的笑话。最近ESTs release出一批数据，我不知道Gnebank的规矩是不是改
: 了，反正资料上是说，raw data的annotation是通过自动程序进行的，是吧？我就不相信
: NCBI会对每天那么多序列数据进行严格的标注。然后老板发现有个蛋白被标注成
: ...........................

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日22:26:31 星期五) , 站内信件                  
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这个这个。。。。

我觉得有必要关于his-tag和GST侃两句了：） 不作wet experiment的就表看了：）

作为binding assay的两种常见形式，his-tag和GST各有优势，这里就不细谈了
单纯从fusion protein的表达来说（主要指原核，真核基本类似，但有一些不同），
his-tag基本不对target protein造成什么影响，也就是说目标蛋白本身是soluble的，
那么调整一下IPTG、温度等等条件，基本都能获得soluble的产物（如果表达量非常大，
也可能可溶蛋白和包涵体并存）。his-tag系统的N端降解不太常见，但是原因好像并非
完全是你前面所说的，因为对于大多数N端his-tag系统，6xHIS前方还有不少aa残基的。

你所说的GST会造成fusion protein的不正确折叠，形成包涵体，这很可能是一个误会，
查查文献就知道了，作为目前最流行的可溶性表达系统之一，GST系统在很大程度上是为
了目标蛋白的可溶性表达而设计的了。一般来说，在rao头的实验室这里，his-tag系统下
呈包涵体形式的，肯定是直接换GST系统或者硫氧还蛋白融和系统。GST一方面是为了作为
“亲合头”方便纯化，另一方面是它的存在可以帮助target protein的折叠，同时提高融
合蛋白的可溶性。至于GST是不是容易降解，我没有特别的感受，因为我们讨论的比较多
的都是C端降解的情况，这在蛋白表达中相比是更常见的，而且GST最终还是要从目标蛋白
上酶切下来的，所以它是否有部分降解我们不在乎：）

【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: 这个这个。。。。。。。。。。。
: 降解的事情我想同样的条件还是GST容易降解些
: 至于蛋白质的活性绝对是his tag更能保持fusion protein的活性了 因为his tag比较小
: 不会对蛋白质的正确折叠造成影响 而GST比较大 一般都会造成fusion protein的不正确
: 折叠 形成包涵体 不具有正确的生物学活性
: 我倒是很想找点技巧性强点的bioinfo做做 因为实验室没有很多合适的数据。。。。。
: 不知道你说得无法重复是什么意思？ 想不通 无法重复的文章也可以发？

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作者  spiro (雨), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月14日23:39:41 星期五), 转信                       
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sigh 做了一年的蛋白表达 咋就没发现gst系统有这么多好处哪
不是光我的蛋白会形成包含体吧 medline上一堆优化表达条件减少包含体增加可溶性表达
的文章诶
真有你说得那么好就好了 :(
刚刚一个试验证明实验室几年前作出来的一个东西是错的 n多师兄师姐的工作都要推倒重
来了 sigh 心情好的一塌糊涂 准备休息三天
发现自己只会埋头做试验 其实很多东西都没搞清楚 烂啊
不在这里丢人现眼了
【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 这个这个。。。。
: 我觉得有必要关于his-tag和GST侃两句了：） 不作wet experiment的就表看了：）
: 作为binding assay的两种常见形式，his-tag和GST各有优势，这里就不细谈了
: 单纯从fusion protein的表达来说（主要指原核，真核基本类似，但有一些不同），
: his-tag基本不对target protein造成什么影响，也就是说目标蛋白本身是soluble的，
: 那么调整一下IPTG、温度等等条件，基本都能获得soluble的产物（如果表达量非常大，
: 也可能可溶蛋白和包涵体并存）。his-tag系统的N端降解不太常见，但是原因好像并非
: 完全是你前面所说的，因为对于大多数N端his-tag系统，6xHIS前方还有不少aa残基的。
: 你所说的GST会造成fusion protein的不正确折叠，形成包涵体，这很可能是一个误会，
: 查查文献就知道了，作为目前最流行的可溶性表达系统之一，GST系统在很大程度上是为
: ...........................

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月15日00:03:44 星期六), 转信                       
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嗯，你不能重复的文章太多了。随便列举几个，比如，一篇说明intron在gene里面的作用
，intron长，则表达量低，intron短，表达量高，没有intron，表达量反而低。这个东东
半年前左右讨论的。这个工作基本上你是做不了的。二万行的代码，不是很容易就可以摆
平的。
另一个，做genetic buffrer的，解释gene duplication的作用的。这个工作，我不觉得
你重复起来很容易。
无法重复是指你现在一时半会儿之内，重复不了。想做技巧性强的东西，你的数据呢？真
正困难的，我觉得还是数据的收集，处理，计算结果的分析。真正的计算过程，不比前两
者重要。而且，做bioinfo，与实验室的结合起来比较好，切入点不是没有，而是不容易
找到。

GST和his这个就甭在争了，无关痛痒的事情。

【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: 这个这个。。。。。。。。。。。
: 降解的事情我想同样的条件还是GST容易降解些
: 至于蛋白质的活性绝对是his tag更能保持fusion protein的活性了 因为his tag比较小
: 不会对蛋白质的正确折叠造成影响 而GST比较大 一般都会造成fusion protein的不正确
: 折叠 形成包涵体 不具有正确的生物学活性
: 我倒是很想找点技巧性强点的bioinfo做做 因为实验室没有很多合适的数据。。。。。
: 不知道你说得无法重复是什么意思？ 想不通 无法重复的文章也可以发？

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月15日01:45:20 星期六) , 站内信件                  
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【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 嗯，你不能重复的文章太多了。随便列举几个，比如，一篇说明intron在gene里面的作用
: ，intron长，则表达量低，intron短，表达量高，没有intron，表达量反而低。这个东东
: 半年前左右讨论的。这个工作基本上你是做不了的。二万行的代码，不是很容易就可以摆
: 平的。
i don't feel this work requires lots of work actually. the beauty of this pap
er is the idea is very intriguing, but with little amount of work necessary t
o demonstrate it

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作者  lylover (一天一改名&明恋cinderella), 信区: Bioinformatics              
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月15日01:50:31 星期六), 转信                       
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对你而言吧？你做的哪个东西，我能半年搞定的？当然啰，目前不照，也不是表示以后也
不行。虽然我知道你又要说：I truly doubt...
无所谓，咱脸皮有深度啊。
我只是觉得这个工作，如果让我重复，是要花很多时间的，几年以后则难说。

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】

【 在 lylover (一天一改名&明恋cinderella) 的大作中提到: 】
: 嗯，你不能重复的文章太多了。随便列举几个，比如，一篇说明intron在gene里面的作用
: ，intron长，则表达量低，intron短，表达量高，没有intron，表达量反而低。这个东东
: 半年前左右讨论的。这个工作基本上你是做不了的。二万行的代码，不是很容易就可以摆
: 平的。
i don't feel this work requires lots of work actually. the beauty of this pap
er is the idea is very intriguing, but with little amount of work necessary t
o demonstrate it

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作者  chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics                      
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月15日12:29:34 星期六), 转信                       
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这个跟第一手数据还是有差距的八
等咱们在science上看见那篇文章 估计国外早就有人在做果蝇
这个数据库的冬冬了
咱们至少落后两三个月吧

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 我不知道他师兄作的是什么，但是我知道的是，果蝇的interaction map已经出来了
: data也快要release了。。。

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作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 关于不依赖于序列比对的基因功能预测                                 
时间  北大未名站 (2003年11月15日13:37:51 星期六), 转信                       
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【 在 spiro (雨) 的大作中提到: 】
: sigh 做了一年的蛋白表达 咋就没发现gst系统有这么多好处哪

GST系统的条件是要仔细摸的这不用我说你也知道的。其实对于蛋白表达，没有任何经
验可以说是绝对可重复的，有时候我们只能归结为运气这种东西。GST系统的优点不是我
说的，而是大量的文献报道，事实上它就是为了这个目的而被设计出来的。
当然我个人的经验也与此吻合，确实可以使很多本来容易形成包涵体的蛋白获得足够的可
溶性表达，而这些基本上在HIS系统下我无论怎么优化都无法实现的。

: 不是光我的蛋白会形成包含体吧 medline上一堆优化表达条件减少包含体增加可溶性表达
: 的文章诶

呵呵，我可从来没说GST就不会形成包涵体，我的意思是，经过条件的优化，GST往往可以
相对与HIS来说更显著的增加可溶性的部分，当然这是指fusion protein的情况，我也的
确见过几个蛋白在酶切后就狂沉淀的，呵呵那没办法，蛋白质自身性质决定的，没招。

: 真有你说得那么好就好了 :(

虽然不同蛋白需要的条件可能显著不同，但是经验的确是很重要，这边二楼有一个老师，
他在国外时候的那个的实验室专门作晶体，纯用GST系统已经快十几年了，他本人也发了
nature第一作者不到两年吧，你要是需要我可以介绍你们交流一下。

To lylover：

丫的我花了差不多一年的时间才让我手里的这个膜蛋白获得了足够长晶体的表达，
让你一句无关痛痒就over啦？？