[合集]怎么看两个gene是否有关联 ？     

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]怎么看两个gene是否有关联 ？
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:06:08 星期天), 站内信件

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  怎么看两个gene是否有关联？                                             
时间  北大未名站 (2004年03月04日19:49:22 星期四), 转信                       
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前几天实验室的人问我，她有两个蛋白，不知道这两个蛋白之间是否有相互作用，就叫我
去看看癌症组织，或者其他组织里面，一个蛋白的表达量高，另一个蛋白的表达量也高，
；反之亦然。。。。

呵呵，难住我好几天了，哪位给支个招？怎么能从数据库里面拿到这两个gene的表达数据
？有一个gene怎么都找不到纪录。。。我只知道一个NCBI的GEO，还有其他的比较好的
expression数据库么？谢谢！

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作者  Heculase (海上浮沉 十年一梦 得之我幸 失之我命), 信区: Bioinformatics   
标题  Re: 怎么看两个gene是否有关联？                                         
时间  北大未名站 (2004年03月04日20:16:47 星期四), 转信                       
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呵呵,机会,告诉她把表达谱跑一下,说不定就弄个nature发发:)
感觉有的wet lab worker对着bioinformatist就像对着宝库,什么都想翻....别太懒嘛叫
他们:)他们不做,偶们怎么有东西做呢.说不定她把表达谱弄出来了,卷积一下发现和Ras有
关联~~~~:)

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 前几天实验室的人问我，她有两个蛋白，不知道这两个蛋白之间是否有相互作用，就叫我
: 去看看癌症组织，或者其他组织里面，一个蛋白的表达量高，另一个蛋白的表达量也高，
: ；反之亦然。。。。
: 呵呵，难住我好几天了，哪位给支个招？怎么能从数据库里面拿到这两个gene的表达数据
: ？有一个gene怎么都找不到纪录。。。我只知道一个NCBI的GEO，还有其他的比较好的
: expression数据库么？谢谢！

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 怎么看两个gene是否有关联？                                         
时间  北大未名站 (2004年03月04日20:43:15 星期四), 转信                       
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你想啊，我们实验室对bioinfo从来就是两种态度，一种就老是给我出这类问题：比如，
给你两个蛋白序列，然后通过预测结构，在预测相互作用界面，然后再设计药物，呵呵。

另一种态度就是觉得bioinfo老是说可能，不能100%的肯定一个问题，(注明：除了发在
刊物上的结果，和从老板口中说出的结论，其他的都“不可靠”)。。。

跟ras有关联也正常啊，呵呵，实验谁做？

【 在 Heculase (海上浮沉 十年一梦 得之我幸 失之我命) 的大作中提到: 】
呵呵,机会,告诉她把表达谱跑一下,说不定就弄个nature发发:)
感觉有的wet lab worker对着bioinformatist就像对着宝库,什么都想翻....别太懒嘛叫
他们:)他们不做,偶们怎么有东西做呢.说不定她把表达谱弄出来了,卷积一下发现和Ras有

关联~~~~:)

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 前几天实验室的人问我，她有两个蛋白，不知道这两个蛋白之间是否有相互作用，就叫我
: 去看看癌症组织，或者其他组织里面，一个蛋白的表达量高，另一个蛋白的表达量也高，
: ；反之亦然。。。。
: 呵呵，难住我好几天了，哪位给支个招？怎么能从数据库里面拿到这两个gene的表达数据
: ？有一个gene怎么都找不到纪录。。。我只知道一个NCBI的GEO，还有其他的比较好的
: expression数据库么？谢谢！

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  Re: 怎么看两个gene是否有关联？                                         
时间  北大未名站 (2004年03月04日20:59:14 星期四), 转信                       
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首先，预测2个蛋白有没有相互作用，最直接的办法好像不是通过表达谱吧？就算
profile相关，和存在相互作用还是有差别的，需要其他更直接的证据啊。

其次，如果只是看在组织中的表达情况，gene card里就有信息了，而如果是针对癌组织
，直接去查nci的cancer array库就ok了

最后，再次感谢你的友情帮助：）

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 前几天实验室的人问我，她有两个蛋白，不知道这两个蛋白之间是否有相互作用，就叫我
: 去看看癌症组织，或者其他组织里面，一个蛋白的表达量高，另一个蛋白的表达量也高，
: ；反之亦然。。。。
: 呵呵，难住我好几天了，哪位给支个招？怎么能从数据库里面拿到这两个gene的表达数据
: ？有一个gene怎么都找不到纪录。。。我只知道一个NCBI的GEO，还有其他的比较好的
: expression数据库么？谢谢！

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 怎么看两个gene是否有关联？                                         
时间  北大未名站 (2004年03月04日21:09:02 星期四), 转信                       
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好，我去查一下NCI吧。感谢啥啊，总共五分钟！呵呵，你果然说中了。。。

【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 首先，预测2个蛋白有没有相互作用，最直接的办法好像不是通过表达谱吧？就算
: profile相关，和存在相互作用还是有差别的，需要其他更直接的证据啊。
: 其次，如果只是看在组织中的表达情况，gene card里就有信息了，而如果是针对癌组织
: ，直接去查nci的cancer array库就ok了
: 最后，再次感谢你的友情帮助：）

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作者  Heculase (海上浮沉 十年一梦 得之我幸 失之我命), 信区: Bioinformatics   
标题  Re: 怎么看两个gene是否有关联？                                         
时间  北大未名站 (2004年03月04日21:33:32 星期四), 转信                       
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多谢:)
还有,现在对蛋白相互作用有什么新方法.双杂交不算,那个假阳性比较高:)

【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 首先，预测2个蛋白有没有相互作用，最直接的办法好像不是通过表达谱吧？就算
: profile相关，和存在相互作用还是有差别的，需要其他更直接的证据啊。
: 其次，如果只是看在组织中的表达情况，gene card里就有信息了，而如果是针对癌组织
: ，直接去查nci的cancer array库就ok了
: 最后，再次感谢你的友情帮助：）

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  Re: 怎么看两个gene是否有关联？                                         
时间  北大未名站 (2004年03月04日21:37:02 星期四), 转信                       
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你说实验方法？我不懂，只知道有免疫沉淀法比较可靠，呵呵

【 在 Heculase (海上浮沉 十年一梦 得之我幸 失之我命) 的大作中提到: 】
: 多谢:)
: 还有,现在对蛋白相互作用有什么新方法.双杂交不算,那个假阳性比较高:)

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 怎么看两个gene是否有关联？                                         
时间  北大未名站 (2004年03月04日22:38:35 星期四), 转信                       
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Tondam Affinity purification,synthetical lethal,genetics的方法，蛮多的。

【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 你说实验方法？我不懂，只知道有免疫沉淀法比较可靠，呵呵