[合集]怎么判断cDNA是全长的?有相关soft

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]怎么判断cDNA是全长的?有相关soft
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:13:59 星期天), 站内信件

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作者  dennyli (protein), 信区: Bioinformatics                                
标题  怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗？                                
时间  北大未名站 (2003年10月17日10:44:13 星期五), 转信                       
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rt
谢谢

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗？                            
时间  北大未名站 (2003年10月20日01:10:11 星期一), 转信                       
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这个omega就差不多了。

【 在 dennyli (protein) 的大作中提到: 】
rt
谢谢

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗？                            
时间  北大未名站 (2003年10月20日01:15:50 星期一), 转信                       
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3'简单对吧，有加尾信号就ok

5’复杂一点，先大致看看ATG在不在“克查科”序列中，再看看其上游有没有终止密码子
然后的嘛，就不好说了，还是要看实验的结果或者比对的情况了

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 这个omega就差不多了。
: rt
: 谢谢

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗？                            
时间  北大未名站 (2003年10月20日03:04:15 星期一), 转信                       
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这我还不大明白了。
1。加尾信号是什么？poly-A？还是A的含量比较大？有确定的么？
2。5'在左还是3'在左啊？忘了。。。

即使你这样也只能说是maybe，不能sure的。简单的就是拿去blast一下，在swissprot或
者genbank里面找找。如果完全的是未知序列，目前好像没有那个程序，可以比较sure出
一个gene的全长吧？
cDNA么，一般都是已知蛋白，blast一下拉倒。

【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
3'简单对吧，有加尾信号就ok

5’复杂一点，先大致看看ATG在不在“克查科”序列中，再看看其上游有没有终止密码子

然后的嘛，就不好说了，还是要看实验的结果或者比对的情况了

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 这个omega就差不多了。
: rt
: 谢谢

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗？                            
时间  北大未名站 (2003年10月20日03:11:28 星期一), 转信                       
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1、加尾信号指在hnRNA终止密码子以下poly－A上游的一段序列，很保守，AAUAAA以及下游
GU丰富的序列。

2、5'在上游啦，没什么左右之分。

3、我说啦，不sure的，只是“很可能”，对于有同源物的序列，不比对的结果自然有说
服力，要是没有同源物的，呵呵，只有做试验验证啦

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 这我还不大明白了。
: 1。加尾信号是什么？poly-A？还是A的含量比较大？有确定的么？
: 2。5'在左还是3'在左啊？忘了。。。
: 即使你这样也只能说是maybe，不能sure的。简单的就是拿去blast一下，在swissprot或
: 者genbank里面找找。如果完全的是未知序列，目前好像没有那个程序，可以比较sure出
: 一个gene的全长吧？
: cDNA么，一般都是已知蛋白，blast一下拉倒。
: 3'简单对吧，有加尾信号就ok
: 5’复杂一点，先大致看看ATG在不在“克查科”序列中，再看看其上游有没有终止密码子
: 然后的嘛，就不好说了，还是要看实验的结果或者比对的情况了
: ...........................

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 怎么判断cDNA是全长的?有相关software吗？                            
时间  北大未名站 (2003年10月20日03:19:57 星期一), 转信                       
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哦对了，偶发现偶犯了个错误，人家是问cDNA是不是全长，不是ORF，因此还有一个
5’UTR是否完整的问题，这个就更加麻烦了，现在倒是有一些server提供transcript
start site预测的，不过好像也不大准，只能是给个大概位置，所以还是要靠试验结果的

【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 1、加尾信号指在hnRNA终止密码子以下poly－A上游的一段序列，很保守，AAUAAA以及下游
: GU丰富的序列。
: 2、5'在上游啦，没什么左右之分。
: 3、我说啦，不sure的，只是“很可能”，对于有同源物的序列，不比对的结果自然有说
: 服力，要是没有同源物的，呵呵，只有做试验验证啦