[合集]HPRD真是慢                      

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]HPRD真是慢
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:16:25 星期天), 站内信件

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  HPRD真是慢啊                                                           
时间  北大未名站 (2003年10月15日21:18:13 星期三), 转信                       
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http://www.hprd.org/
一帮子垃圾人，两个多月前看见了，想下数据，结果：
The data in HPRD will be made available shortly. Thank you for bearing with
us.

现在文章发了，数据还是没有。真是，一帮白痴！

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日21:22:00 星期三), 转信                       
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你就知道下数据库。。。

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: http://www.hprd.org/
: 一帮子垃圾人，两个多月前看见了，想下数据，结果：
: The data in HPRD will be made available shortly. Thank you for bearing with
: us.
: 现在文章发了，数据还是没有。真是，一帮白痴！

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日21:43:45 星期三), 转信                       
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是啊，这个数据库不一样。等着用啊。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
你就知道下数据库。。。

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: http://www.hprd.org/
: 一帮子垃圾人，两个多月前看见了，想下数据，结果：
: The data in HPRD will be made available shortly. Thank you for bearing with
: us.
: 现在文章发了，数据还是没有。真是，一帮白痴！

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日21:47:38 星期三), 转信                       
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是啊是啊，有人说这个数据库做完了，功能基因组研究也就over了，呵呵

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 是啊，这个数据库不一样。等着用啊。
: 你就知道下数据库。。。

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作者  biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics                              
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日22:21:02 星期三), 转信                       
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HPRD是什么东东啊？
：）

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: http://www.hprd.org/
: 一帮子垃圾人，两个多月前看见了，想下数据，结果：
: The data in HPRD will be made available shortly. Thank you for bearing with
: us.
: 现在文章发了，数据还是没有。真是，一帮白痴！

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日22:28:10 星期三), 转信                       
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the Human Protein Reference Databse

【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
: HPRD是什么东东啊？
: ：）

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日22:32:15 星期三), 转信                       
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错了，这个数据库做完了，功能的基因组，就可以正式开始了。
现在不过是一些前戏。climax早了。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
是啊是啊，有人说这个数据库做完了，功能基因组研究也就over了，呵呵

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 是啊，这个数据库不一样。等着用啊。
: 你就知道下数据库。。。

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日23:23:46 星期三), 转信                       
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是不是有点类似 IPI 的human子集呢？

【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: the Human Protein Reference Databse

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作者  biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics                              
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日23:24:28 星期三), 转信                       
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这里面的entries是经过实验验证的，还是预测的？
和ensembl/goldenpath有什么区别？

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 错了，这个数据库做完了，功能的基因组，就可以正式开始了。
: 现在不过是一些前戏。climax早了。
: 是啊是啊，有人说这个数据库做完了，功能基因组研究也就over了，呵呵

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作者  biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics                              
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日23:24:48 星期三), 转信                       
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呵呵，和我想问的一样
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 是不是有点类似 IPI 的human子集呢？

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日23:31:23 星期三), 转信                       
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//hand
我终于提出了点像样子的问题   //tears~~
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
: 呵呵，和我想问的一样

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作者  biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics                              
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月15日23:41:33 星期三), 转信                       
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谦虚
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: //hand
: 我终于提出了点像样子的问题   //tears~~

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月16日00:20:27 星期四), 转信                       
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不一样。有很大差别的。IPI的数据不过是序列和swissprot的内容。
这个就很全面的。

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
是不是有点类似 IPI 的human子集呢？

【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: the Human Protein Reference Databse

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月16日00:21:49 星期四), 转信                       
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叫human reference protein database,你说呢？从文献里面找出来的，如果是预测的，
在文献里面的可能性大么？不可能一篇cell的paper讲一个预测蛋白的。

【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
这里面的entries是经过实验验证的，还是预测的？
和ensembl/goldenpath有什么区别？

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 错了，这个数据库做完了，功能的基因组，就可以正式开始了。
: 现在不过是一些前戏。climax早了。
: 是啊是啊，有人说这个数据库做完了，功能基因组研究也就over了，呵呵

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作者  biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics                              
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月16日00:34:08 星期四), 转信                       
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现在hrpd有多少entry？

比如说根据一个保守的domain进行的大规模预测的基因会不会在这里面出现
（这些基因也可以说是在文献中出现了吧，但不是针对单个的）

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 叫human reference protein database,你说呢？从文献里面找出来的，如果是预测的，
: 在文献里面的可能性大么？不可能一篇cell的paper讲一个预测蛋白的。
: 这里面的entries是经过实验验证的，还是预测的？
: 和ensembl/goldenpath有什么区别？

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月16日00:48:10 星期四), 转信                       
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这个不敢说。首先文章我没有看到，其次它的数据也没有release。它有多少个，你可以
看它的介绍。
大规模预测出来的基因，连作者都不敢说对还是不对，这样的data，有什么意思？那我不
如看NCBI拉倒，要这个干嘛呢？
说一句：预测出来的东西，做实验的人一般是不大信的。这个数据库要是搞这些东东太多
，呵呵，数据的质量会下降很多，不见得比swissprot更有效。

再比如说，如果做蛋白质的相互作用预测，假设预测的是人的蛋白，那么，你需要检验你
的方法的work程度。怎么办？怎么选取可靠的protein interaction pairs？要是酵母，
你可以使用DIP或者MIPS的PPI，因为这两个db的数据质量都比较高，比较可靠的。但是
DIP的关于人的相互作用才900多，显然不能满足要求。这个HRPD说是release 10,000以上
的关于人的相互作用，虽然也还是不多，不过总差强人意。总之，它的数据质量不高，呵
呵，关掉吧。
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
现在hrpd有多少entry？

比如说根据一个保守的domain进行的大规模预测的基因会不会在这里面出现
（这些基因也可以说是在文献中出现了吧，但不是针对单个的）

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 叫human reference protein database,你说呢？从文献里面找出来的，如果是预测的，
: 在文献里面的可能性大么？不可能一篇cell的paper讲一个预测蛋白的。
: 这里面的entries是经过实验验证的，还是预测的？
: 和ensembl/goldenpath有什么区别？

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作者  biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics                              
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月16日00:57:01 星期四), 转信                       
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预测的基因，很多时候还是很有用的。ensembl就是个很好的例子。

至于protein interaction的数据，酵母的实验作的是最多的，结果也不是想象的那样好
。
至少2002年的embl测的的酵母数据，只声称70%的准确度（当然咯，比同类的还是有优势
）其他的生物，一部分是实验作出来的数据（准确度相对较高，也有不少的假阳性）；
还有一些是根据蛋白质的相似性来预测的。方法有一个是一个日本人在一次会议上发表的
。（现在手头没有：P)
这些虽然不能作为确切的证据，但是来确定方向还是很有用的

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 这个不敢说。首先文章我没有看到，其次它的数据也没有release。它有多少个，你可以
: 看它的介绍。
: 大规模预测出来的基因，连作者都不敢说对还是不对，这样的data，有什么意思？那我不
: 如看NCBI拉倒，要这个干嘛呢？
: 说一句：预测出来的东西，做实验的人一般是不大信的。这个数据库要是搞这些东东太多
: ，呵呵，数据的质量会下降很多，不见得比swissprot更有效。
: 再比如说，如果做蛋白质的相互作用预测，假设预测的是人的蛋白，那么，你需要检验你
: 的方法的work程度。怎么办？怎么选取可靠的protein interaction pairs？要是酵母，
: 你可以使用DIP或者MIPS的PPI，因为这两个db的数据质量都比较高，比较可靠的。但是
: DIP的关于人的相互作用才900多，显然不能满足要求。这个HRPD说是release 10,000以上
: ...........................

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: HPRD真是慢啊                                                       
时间  北大未名站 (2003年10月16日01:22:54 星期四), 转信                       
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sure!!!确定方向是很有用的。但是，呵呵，如我上贴所说，HRPD很希望它是个data质量
比较高的数据库。不然的话，呵呵，我用ensembl不就够了么？
酵母的数据，显然，问题多多，不过对于做实验的人来说，计算的可靠性，略差一些。

而且，如我上贴举的例子，如果我用的是DIP的数据，referee即使会觉得不爽，也没有多
少话说，但是如果我用的是预测的结果，呵呵，本来我就在做蛋白相互作用的预测，我拿
预测的结果来验证我的预测结果，岂不是有点好玩？referee就不只是不爽了。。。

【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
: 预测的基因，很多时候还是很有用的。ensembl就是个很好的例子。
: 至于protein interaction的数据，酵母的实验作的是最多的，结果也不是想象的那样好
: 。
: 至少2002年的embl测的的酵母数据，只声称70%的准确度（当然咯，比同类的还是有优势
:  ）其他的生物，一部分是实验作出来的数据（准确度相对较高，也有不少的假阳性）；
: 还有一些是根据蛋白质的相似性来预测的。方法有一个是一个日本人在一次会议上发表的
: 。（现在手头没有：P)
: 这些虽然不能作为确切的证据，但是来确定方向还是很有用的