[合集]Signature of Selection Mediated

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]Signature of Selection Mediated
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:36:40 星期天), 站内信件

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Signature of Selection Mediated by Express                             
时间  北大未名站 (2003年10月03日18:31:24 星期五), 转信                       
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The Signature of Selection Mediated by Expression on Human Genes

Araxi O. Urrutia and Laurence D. Hurst1
Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, Bath BA2 7AY, UK

As the efficacy of natural selection is expected to be a function of populat
ion size, in humans it is usually presumed that selection is a weak force an
d hence that gene characteristics are mostly determined by stochastic forces
. In contrast, in species with large population sizes, selection is expected
to be a much more effective force. Evidence for this has come from examinin
g how genic parameters vary with expression level, which appears to determin
e many of a gene's features, such as codon bias, amino acid composition, and
size. However, not until now has it been possible to examine whether human
genes show the signature of selection mediated by expression level. Here, th
en, to investigate this issue, we gathered expression data for >10,000 human
genes from public data sets obtained by different technologies (SAGE and hi
gh-density oligonucleotide chip arrays) and compared them with gene paramete
rs. We find that, even after controlling for regional effects, highly expres
sed genes code for smaller proteins, have less intronic DNA, and higher codo
n and amino acid biases. We conclude that, contrary to the usual supposition
, human genes show signatures consistent with selection mediated by expressi
on level.

http://www.genome.org/cgi/content/full/13/10/2260

基本上算重复验证了以前那篇NG的结论，因此只能发GR了，呵呵

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作者  badgee (天篷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: Signature of Selection Mediated by Express                         
时间  北大未名站 (2003年10月03日21:18:49 星期五) , 站内信件                  
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"intronic DNA "   What does intronic mean?  3q!!  

【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
We find that, even after controlling for regional effects, highly expres
sed genes code for smaller proteins, have less intronic DNA, and higher codo
n and amino acid biases.

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: Signature of Selection Mediated by Express                         
时间  北大未名站 (2003年10月03日21:55:22 星期五), 转信                       
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找本bioinfo的书看看。到202.38.91.134上下吧。然后再看看生物的书。
【 在 badgee (天篷) 的大作中提到: 】
"intronic DNA "   What does intronic mean?  3q!!  

【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
We find that, even after controlling for regional effects, highly expres
sed genes code for smaller proteins, have less intronic DNA, and higher codo
n and amino acid biases.

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作者  badgee (天篷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: Signature of Selection Mediated by Express                         
时间  北大未名站 (2003年10月03日22:17:22 星期五) , 站内信件                  
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推荐一本吧！分子生物学哪本比较好呢？bioinformatic 看英文的还是中文的好？

【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 找本bioinfo的书看看。到202.38.91.134上下吧。然后再看看生物的书。
: We find that, even after controlling for regional effects, highly expres
: sed genes code for smaller proteins, have less intronic DNA, and higher codo
: n and amino acid biases.

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: Signature of Selection Mediated by Express                         
时间  北大未名站 (2003年10月03日22:30:06 星期五), 转信                       
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分子生物学你先大致看看这里吧
http://dean.pku.edu.cn/jiaoxue/zhubmb/index.htm

bioinfor。。。
看哪本都无所谓，建议你先看中文的，清华翻译的那本就可以

【 在 badgee (天篷) 的大作中提到: 】
: 推荐一本吧！分子生物学哪本比较好呢？bioinformatic 看英文的还是中文的好？

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: Signature of Selection Mediated by Express                         
时间  北大未名站 (2003年10月03日23:07:59 星期五), 转信                       
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自己找。
【 在 badgee (天篷) 的大作中提到: 】

推荐一本吧！分子生物学哪本比较好呢？bioinformatic 看英文的还是中文的好？

【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 找本bioinfo的书看看。到202.38.91.134上下吧。然后再看看生物的书。
: We find that, even after controlling for regional effects, highly expres
: sed genes code for smaller proteins, have less intronic DNA, and higher codo
: n and amino acid biases.

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作者  llhx (快乐懒汉), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: Signature of Selection Mediated by Express                         
时间  北大未名站 (2003年10月03日23:30:55 星期五), 转信                       
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我现在终于看到一个生化比我还弱的。呵呵。得好好补补啊。我去年冬天看的头都疼了。
大体懂那么回事，就是自己说不出来。
lylover你说我该怎么办？
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 自己找。
: 推荐一本吧！分子生物学哪本比较好呢？bioinformatic 看英文的还是中文的好？

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: Signature of Selection Mediated by Express                         
时间  北大未名站 (2003年10月03日23:37:59 星期五), 转信                       
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这样啊，呵呵，慢慢来。这是唯一的方法啊，有一段时间是很难熬的。
【 在 llhx (快乐懒汉) 的大作中提到: 】
我现在终于看到一个生化比我还弱的。呵呵。得好好补补啊。我去年冬天看的头都疼了。

大体懂那么回事，就是自己说不出来。
lylover你说我该怎么办？
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 自己找。
: 推荐一本吧！分子生物学哪本比较好呢？bioinformatic 看英文的还是中文的好？