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-- 发布时间:9/23/2004 2:05:00 AM
-- [合集]安装Bioconductor,求教 ?
[合集]安装Bioconductor,求教 ? 发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics 标 题: [合集]安装Bioconductor,求教 ? 发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:54:49 星期天), 站内信件 ─────────────────────────────────────── 作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics 标题 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日13:04:15 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 下载了R system:rw1080和Bioconductor 1.2_tar.gz 安装了rw1080,能够正常使用;但是不知道Bioconductor怎样安装。 有谁在Windows下面安装过得,请指教。 ─────────────────────────────────────── 作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日13:25:09 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 在windows下面安装, 如果你的机器能够直接出国的话。从网站下载一个安装程序,然后执行就可以了。 getBioC.R 否则需要每个package都下载相应的zip文件, 感觉那个tar.gz主要是针对unix系统的,没有编译过。 R都出1080了吗?真够bt的。 【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】 : 下载了R system:rw1080和Bioconductor 1.2_tar.gz : 安装了rw1080,能够正常使用;但是不知道Bioconductor怎样安装。 : 有谁在Windows下面安装过得,请指教。 ─────────────────────────────────────── 作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日13:26:59 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】 : 在windows下面安装, : 如果你的机器能够直接出国的话。从网站下载一个安装程序,然后执行就可以了。 : getBioC.R : 否则需要每个package都下载相应的zip文件, ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~这个网上有没有现成的? : 感觉那个tar.gz主要是针对unix系统的,没有编译过。 : R都出1080了吗?真够bt的。 ─────────────────────────────────────── 作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日13:31:18 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 每个package的页面下面都会有Win32 package download 最简单的方法还是直接执行getBioC.R 可惜我一直没有学会在哪里加入Proxy 因此就比较土的每个包每个包的下 【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】 : ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~这个网上有没有现成的? ─────────────────────────────────────── 作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日13:38:35 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 刚刚在FAQ里面找了一下, 可以这样做,以命令行方式启动 /R/rw1070/bin/RGui.exe http_proxy=http://user:pass@gannet:80/ 然后就可以连出国了,不过Bioconductor这么大,连接过程可能会很慢。 中间还有可能会断,也比较麻烦。 【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】 : ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~这个网上有没有现成的? ─────────────────────────────────────── 作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日13:38:56 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 我也是,不知道怎么设置代理。(或许研究一下getBioC.R是一个办法) 谢谢了。我先去下单个的包。 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】 : 每个package的页面下面都会有Win32 package download : 最简单的方法还是直接执行getBioC.R : 可惜我一直没有学会在哪里加入Proxy : 因此就比较土的每个包每个包的下 ─────────────────────────────────────── 作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日15:14:58 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】 : 在windows下面安装, : 如果你的机器能够直接出国的话。从网站下载一个安装程序,然后执行就可以了。 : getBioC.R : 否则需要每个package都下载相应的zip文件, : 感觉那个tar.gz主要是针对unix系统的,没有编译过。 : R都出1080了吗?真够bt的。 ~~~~~~~~~~~~~~~好像用1080有问题,看来得下个1071试试。不知道行不行? ─────────────────────────────────────── 作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日16:57:05 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── 真是ft啊!1080真的不兼容啊,用1071就好了。 【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】 : ~~~~~~~~~~~~~~~好像用1080有问题,看来得下个1071试试。不知道行不行? ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月15日19:25:47 星期三), 转信 ─────────────────────────────────────── bioconductor干吗用?用个R不够么?感觉差不多吧? 【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】 真是ft啊!1080真的不兼容啊,用1071就好了。 【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】 : ~~~~~~~~~~~~~~~好像用1080有问题,看来得下个1071试试。不知道行不行? ─────────────────────────────────────── 作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月16日08:49:46 星期四), 转信 ─────────────────────────────────────── 否否,bioconductor在处理array数据方面还是有很多好处的。 比如直接读affymetrix的CEL格式的数据,以及和annotation的结合等。 【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】 : bioconductor干吗用?用个R不够么?感觉差不多吧? : 真是ft啊!1080真的不兼容啊,用1071就好了。 ─────────────────────────────────────── 作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月16日19:14:51 星期四), 转信 ─────────────────────────────────────── Bioconductor是开放源代码和开放软件开发计划,用于基因组数据的分析和综合(Bioin formatics)。 这个计划开始于2001年秋季。Bioconductor核心小组主要是基于Biostatistics Unit/D ana Farber Cancer Institute/Harvard Medical School|Harvard School of Public Health。其他成员来自于美国和国际研究所。 这个计划的主要目标是: 1 提供使用一些强有力的统计学和图形学方法来分析基因组数据; 2 促进实验数据分析中整合生物元数据:例如,PubMed的文献资料,LocusLink的注释数 据; 3 允许快速开发可扩展的、可升级的、可交互使用的软件; 4 推动高质量的文档和可重复的研究; 5 提供基因组数据分析的计算和统计方法培训。 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】 : 否否,bioconductor在处理array数据方面还是有很多好处的。 : 比如直接读affymetrix的CEL格式的数据,以及和annotation的结合等。 ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月16日20:58:43 星期四), 转信 ─────────────────────────────────────── 不错,装了一套win版的。感觉比linux的方便。 【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】 Bioconductor是开放源代码和开放软件开发计划,用于基因组数据的分析和综合(Bioin formatics)。 这个计划开始于2001年秋季。Bioconductor核心小组主要是基于Biostatistics Unit/D ana Farber Cancer Institute/Harvard Medical School|Harvard School of Public Health。其他成员来自于美国和国际研究所。 这个计划的主要目标是: 1 提供使用一些强有力的统计学和图形学方法来分析基因组数据; 2 促进实验数据分析中整合生物元数据:例如,PubMed的文献资料,LocusLink的注释数 据; 3 允许快速开发可扩展的、可升级的、可交互使用的软件; 4 推动高质量的文档和可重复的研究; 5 提供基因组数据分析的计算和统计方法培训。 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】 : 否否,bioconductor在处理array数据方面还是有很多好处的。 : 比如直接读affymetrix的CEL格式的数据,以及和annotation的结合等。 ─────────────────────────────────────── 作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 安装Bioconductor,求教? 时间 北大未名站 (2003年10月16日22:15:22 星期四), 转信 ─────────────────────────────────────── R系统不太熟悉,使用不是很习惯,如果是基于Matlab的话,就好了。 一起慢慢研究了。 【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】 : 不错,装了一套win版的。感觉比linux的方便。 : Bioconductor是开放源代码和开放软件开发计划,用于基因组数据的分析和综合(Bioin : formatics)。 : 这个计划开始于2001年秋季。Bioconductor核心小组主要是基于Biostatistics Unit/D : ana Farber Cancer Institute/Harvard Medical School|Harvard School of Public : Health。其他成员来自于美国和国际研究所。 : 这个计划的主要目标是: : 1 提供使用一些强有力的统计学和图形学方法来分析基因组数据; : 2 促进实验数据分析中整合生物元数据:例如,PubMed的文献资料,LocusLink的注释数 : 据; : ...........................
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