[合集]安装Bioconductor,求教 ?
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]安装Bioconductor,求教 ?
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:54:49 星期天), 站内信件
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作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics
标题 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日13:04:15 星期三), 转信
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下载了R system:rw1080和Bioconductor 1.2_tar.gz
安装了rw1080,能够正常使用；但是不知道Bioconductor怎样安装。
有谁在Windows下面安装过得，请指教。
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作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日13:25:09 星期三), 转信
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在windows下面安装，
如果你的机器能够直接出国的话。从网站下载一个安装程序，然后执行就可以了。
getBioC.R
否则需要每个package都下载相应的zip文件，
感觉那个tar.gz主要是针对unix系统的，没有编译过。
R都出1080了吗？真够bt的。
【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】
: 下载了R system:rw1080和Bioconductor 1.2_tar.gz
: 安装了rw1080,能够正常使用；但是不知道Bioconductor怎样安装。
: 有谁在Windows下面安装过得，请指教。
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作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日13:26:59 星期三), 转信
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【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 在windows下面安装，
: 如果你的机器能够直接出国的话。从网站下载一个安装程序，然后执行就可以了。
: getBioC.R
: 否则需要每个package都下载相应的zip文件，
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~这个网上有没有现成的？
: 感觉那个tar.gz主要是针对unix系统的，没有编译过。
: R都出1080了吗？真够bt的。
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作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日13:31:18 星期三), 转信
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每个package的页面下面都会有Win32 package download
最简单的方法还是直接执行getBioC.R
可惜我一直没有学会在哪里加入Proxy
因此就比较土的每个包每个包的下
【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~这个网上有没有现成的？
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作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日13:38:35 星期三), 转信
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刚刚在FAQ里面找了一下，
可以这样做，以命令行方式启动
/R/rw1070/bin/RGui.exe http_proxy=http://user:pass@gannet:80/
然后就可以连出国了，不过Bioconductor这么大，连接过程可能会很慢。
中间还有可能会断，也比较麻烦。
【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~这个网上有没有现成的？
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作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日13:38:56 星期三), 转信
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我也是，不知道怎么设置代理。（或许研究一下getBioC.R是一个办法）
谢谢了。我先去下单个的包。
【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 每个package的页面下面都会有Win32 package download
: 最简单的方法还是直接执行getBioC.R
: 可惜我一直没有学会在哪里加入Proxy
: 因此就比较土的每个包每个包的下
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作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日15:14:58 星期三), 转信
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【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 在windows下面安装，
: 如果你的机器能够直接出国的话。从网站下载一个安装程序，然后执行就可以了。
: getBioC.R
: 否则需要每个package都下载相应的zip文件，
: 感觉那个tar.gz主要是针对unix系统的，没有编译过。
: R都出1080了吗？真够bt的。
~~~~~~~~~~~~~~~好像用1080有问题，看来得下个1071试试。不知道行不行？
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作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日16:57:05 星期三), 转信
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真是ft啊！1080真的不兼容啊，用1071就好了。
【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~好像用1080有问题，看来得下个1071试试。不知道行不行？
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月15日19:25:47 星期三), 转信
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bioconductor干吗用？用个R不够么？感觉差不多吧？
【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】
真是ft啊！1080真的不兼容啊，用1071就好了。
【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~好像用1080有问题，看来得下个1071试试。不知道行不行？
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作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月16日08:49:46 星期四), 转信
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否否，bioconductor在处理array数据方面还是有很多好处的。
比如直接读affymetrix的CEL格式的数据，以及和annotation的结合等。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: bioconductor干吗用？用个R不够么？感觉差不多吧？
: 真是ft啊！1080真的不兼容啊，用1071就好了。
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作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月16日19:14:51 星期四), 转信
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Bioconductor是开放源代码和开放软件开发计划，用于基因组数据的分析和综合(Bioin
formatics)。
这个计划开始于2001年秋季。Bioconductor核心小组主要是基于Biostatistics Unit/D
ana Farber Cancer Institute/Harvard Medical School|Harvard School of Public
Health。其他成员来自于美国和国际研究所。
这个计划的主要目标是：
1 提供使用一些强有力的统计学和图形学方法来分析基因组数据；
2 促进实验数据分析中整合生物元数据：例如，PubMed的文献资料，LocusLink的注释数
据；
3 允许快速开发可扩展的、可升级的、可交互使用的软件；
4 推动高质量的文档和可重复的研究；
5 提供基因组数据分析的计算和统计方法培训。
【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 否否，bioconductor在处理array数据方面还是有很多好处的。
: 比如直接读affymetrix的CEL格式的数据，以及和annotation的结合等。
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月16日20:58:43 星期四), 转信
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不错，装了一套win版的。感觉比linux的方便。
【 在 Fenceking (风雨无悔) 的大作中提到: 】
Bioconductor是开放源代码和开放软件开发计划，用于基因组数据的分析和综合(Bioin
formatics)。
这个计划开始于2001年秋季。Bioconductor核心小组主要是基于Biostatistics Unit/D
ana Farber Cancer Institute/Harvard Medical School|Harvard School of Public
Health。其他成员来自于美国和国际研究所。
这个计划的主要目标是：
1 提供使用一些强有力的统计学和图形学方法来分析基因组数据；
2 促进实验数据分析中整合生物元数据：例如，PubMed的文献资料，LocusLink的注释数
据；
3 允许快速开发可扩展的、可升级的、可交互使用的软件；
4 推动高质量的文档和可重复的研究；
5 提供基因组数据分析的计算和统计方法培训。
【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 否否，bioconductor在处理array数据方面还是有很多好处的。
: 比如直接读affymetrix的CEL格式的数据，以及和annotation的结合等。
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作者 Fenceking (风雨无悔), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 安装Bioconductor,求教？
时间 北大未名站 (2003年10月16日22:15:22 星期四), 转信
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R系统不太熟悉，使用不是很习惯，如果是基于Matlab的话，就好了。
一起慢慢研究了。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 不错，装了一套win版的。感觉比linux的方便。
: Bioconductor是开放源代码和开放软件开发计划，用于基因组数据的分析和综合(Bioin
: formatics)。
: 这个计划开始于2001年秋季。Bioconductor核心小组主要是基于Biostatistics Unit/D
: ana Farber Cancer Institute/Harvard Medical School|Harvard School of Public
: Health。其他成员来自于美国和国际研究所。
: 这个计划的主要目标是：
: 1 提供使用一些强有力的统计学和图形学方法来分析基因组数据；
: 2 促进实验数据分析中整合生物元数据：例如，PubMed的文献资料，LocusLink的注释数
: 据；
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2004/9/23 2:05:00
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